环保部在2016年全面启动长江经济带生态环境保护的各项工作。具体而言，环保部组织编制《长江经济带生态环境保护规划》；推动、指导沿江11省将长江经济带内重点生态功能区、生态环境敏感区和脆弱区等区域全部划入生态保护红线；全面开展长江流域水（水项目可行性研究报告）质监测，“十三五”时期将实现所有跨界水体开展联合监测；开展沿江饮用水水源地环保执法专项行动，推动126个地级以上城市完成全部319个集中式饮用水水源保护区划定。
2016年，长江经济带水质优良断面比例为75.2%，比2015年提高2.8个百分点，劣Ⅴ类水质断面下降2.9个百分点。尽管2016年长江经济带水质在改善，长江经济带生态环境保护形势依然紧迫而复杂，主要面临四大挑战。它们主要包括临流域系统性保护不足，生态功能退化严重；污染物排放量大，饮用水安全保障任务艰巨；沿江化工行业环境风险隐患突出，守住环境安全底线压力大；部分地区城镇开发建设严重挤占江河湖库生态空间，发展和保护矛盾凸显等问题和挑战，需要长期持续努力。
长江经济带排放全国34%的二氧化硫，32%的氮氧化物，28%的烟尘，废水、化学需氧量、氨氮排放总量也分别占43%、37%和43%，饮用水安全保障的难度非常大，部分水源地水质还没有达标。