农村改革的重点和难点应该是在城中村和城郊村，是村集体经营性资产比较多、价值高的地区，也是当下矛盾最集中的地区；对于一般的农业（农业项目可行性研究报告）性的地区，其集体资产本身市场价值没有特别大，矛盾相对小，而且一般性地区农业的集体性资源和资产，通过一些确权改革，已经在完成过程中。以某副省级城市为例，随着城市扩张，资本下乡，郊区土地升值很快，村干部、村民以及外来资产，在资产确权中各自发挥重要角色，博弈也较多。
改革在实操具体落实中新问题层出不穷，比如农民进城落户，按照国办关于完善农村土地所有权承包权经营权分置办法的意见，不得违法调整农户承包地，不得以退出土地承包权作为农民进城落户的条件；那么这类人是否应该还算作集体成员？《意见》提到“统筹考虑户籍关系”，具体如何统筹？另外地方经管部门的权限在农村改革中不断弱化，相关的集体资产确权等监督在不断弱化，给产权改革埋下了很多纠纷隐患。
在具体措施上，这次有新的更明确的规定，如“现阶段可由县级以上地方政府主管部门负责向农村集体经济组织发放组织登记证书，农村集体经济组织可据此向有关部门办理银行开户等相关手续，以便开展经营管理活动”，这样解决了新的合作经济的组织身份或法人地位问题。