种植业与产业化程度相对较高的畜牧业、养殖业不同。要提供绿色（绿色项目可行性研究报告）、优质的农产品，种植业供给侧改革还要解决更重要的问题：怎么样破除生产量、库存量和进口量“三量齐增”的尴尬现象。从2004年到2015年，我国粮食产量实现“十二连增”。但是，2011年下半年以来，受临时收储政策“托市”的影响，却出现进口粮价比国内粮价低的持续“倒挂”现象。这造成进口粮食入市，国内粮食入库的尴尬情况，也促使粮食进口量持续增加。
以玉米为例，随着玉米库存不断增加，东北等核心产区新粮收储矛盾和安全储粮压力也比较突出。而连续8年的临储政策，扭曲了国内玉米市场价格，特别在国际粮食供应过剩环境下，政府需要解决天量的玉米库存。政府收购价格鼓励了国内生产，但同时刺激进口大量增加，因为食品和饲料生产商转向更便宜的进口玉米。另一方面，由于比价因素，农民倾向于选择“托市”更保险的品种，例如选择种玉米而放弃种大豆，造成玉米库存积压而大豆结构性短缺。除了造成大量库存，玉米临储政策还使得市场对价格不再敏感。
这也是使得“玉米”成为国家高层直接点名要去库存的作物。此次中央经济工作会议明确提及，要抓好玉米收储制度改革，做好政策性粮食库存消化工作。其中，被国家社科院学部委员张晓山称为农业供给侧改革成败关键因素的是，当前的玉米去库存。与企业主导的市场行为不同，玉米去库存的关键，在于国内受到政策“指挥”的亿万农民。业内普遍认为，“三量齐增”的纠结在于，一大原因在最低价格制度、临时收储政策干扰了农产品价格形成机制，控制着农民的种植意愿。因而，与农产品结构调整相联系的制度改革，是自2014年开始的农产品价格改革，其主要思路是“市场定价、价补分离”。2016年，内蒙古和东北三省将以往的玉米临时收储政策调整为“市场化收购”加“补贴”的新机制。