根据环保部规划，“十三五”末我国将建成垂直管理、全国统一的环境质量监测网，包括环境空气、地表水（水项目可行性研究报告）和土壤等环境监测质量控制体系。这将改变一些地方环保部门“既当运动员又当裁判员”的弊病，从根本上提高环境监测水平。据介绍，国家环境空气质量监测网和国家地表水环境监测网已基本建成，土壤环境监测网尚在建设过程中。
针对不同要素监测质量管理提出了具体工作目标：2016年底完成338个地级以上城市1436个国家环境空气自动监测事权上收；2017年起，逐步完善地表水和近岸海域环境质量监测质控技术体系；2016年确定土壤网点位布设方案，启动网络建设，2017年形成基本监测能力。至“十三五”末，全面建成环境空气、地表水和土壤等环境监测质量控制体系。
环保部已经启动了1436个国家环境空气自动站点监测事权上收工作，截至11月6日，交接工作已基本完成；启动全国地表水2767个国控断面监测事权上收的试点工作，均由中国环境监测总站直接管理，并委托社会监测机构运行维护。环保部负责人对此表示，今后一段时间全国环境监测质量管理的重点内容和主要任务，加强监测质量管理工作，是适应“十三五”时期深化生态环境监测体制机制改革的客观需要，是打好大气、水、土壤三大战役的重要保障，也是解决当前环境监测质量管理存在的突出问题的针对性措施。