营改增试点以来，增值税与营业税不一样，征管也有很大差别。进项税额抵扣是增值税征管的重要一环。增值税一般纳税人进项税额抵扣遇阻，税负必然会提高，也不利于增值税中性作用的发挥。一些在营业税征管中行之有效的举措，不见得就适合增值税。一些在某种场合可以有效应对逃避税收的措施也可能扭曲正常的经济业务安排。增值税“三流合一”就是当前热议的一个问题。
事实上，只要秉承实质重于形式的原则，这种问题是不难解决的。进项税额只能抵扣一次，且抵扣规则一旦确定就应维持一定的时间不变，做到了这一点，问题就可以迎刃而解。具体制度安排应该按照增值税是对增值额课税的要求来处理。增值额的定义仍然是一个难题。金融（金融项目可行性研究报告）业增值税制的完善就亟待破解这一难题。增值税下一步的完善应特别注意税制的完善，而摆脱当前税负问题的困扰。增值税行业税负不增加，意味着行业税负有下降的空间。
现实中，将一些本来应该抵扣的进项税额规定为不能抵扣的项目，或将一些应该免税的项目还是按照过去营业税征收的方式不免税，类似举措虽然可以防止财政收入的下滑，但也同样会让增值税的中性作用打了折扣。