到2020年，实现森林、草原、湿地、荒漠、海洋、水流、耕地等重点领域和禁止开发区域、重点生态功能区等重要区域生态保护补偿全覆盖，补偿水平与经济社会发展状况相适应，跨地区、跨流域补偿试点示范取得明显进展，多元化补偿机制初步建立，基本建立符合我国国情的生态保护补偿制度体系，促进形成绿色（绿色项目可行性研究报告）生产方式和生活方式。
纵观生态补偿机制的建立，资金来源仍是急需面对的问题，现有生态保护补偿资金主要依靠中央财政转移支付，渠道比较单一。对此，《意见》提出从三个方面筹措资金，加大保护补偿力度。在纵向方面，中央和地方财政要逐步增加对重点生态功能区的转移支付。中央和地方预算内投资对重点生态功能区内的基础设施和基本公共服务设施建设予以倾斜。在横向方面，鼓励受益地区与保护生态地区、流域下游与上游通过资金补偿、对口协作、产业转移、人才培训、共建园区等方式建立横向补偿关系。
在市场方面，发挥市场机制促进生态保护的积极作用，使保护者通过生态产品的交易获得收益，建立用水权、排污权、碳排放权初始分配制度，探索建立水权、排污权、碳排放权交易制度。建立统一的绿色产品标准、认证、标识等体系，完善落实对绿色产品的财税金融支持和政府采购等政策。