最近，中国科学院遗传与发育生物学研究所植物基因（PCR基因扩仪项目可行性研究报告）组国家重点实验室中科院院士李家洋、中国农业科学院中国水稻研究所水稻生物学国家重点实验室研究员钱前等提出了理想株型与杂种优势相结合的未来超级杂交稻分子设计模型。
根据这一模型，未来超级杂交水稻育种将基于籼-粳杂交，通过精准分子设计与全基因组分子标记辅助选育，组合亚种间已知以及待发现的优良等位基因，培育具有籼-粳杂种优势与理想株型的高产、优质、耐逆、抗病的新品种。作为例证，李家洋等根据现有优良基因资源设计了一个超级理想型籼-粳杂交稻组合。在该组合中，粳稻背景的雄性不育系母本含有dep1、ghd7、gs3等调控穗型、粒型、光周期、氮高效等性状的优良等位基因，而籼稻背景的父本恢复系中则携带ipa1、gn1a、ghd8、hd1、dro1等调控理想株型、穗型、粒型、光周期、耐逆等性状的优良等位基因。携带上述优良等位基因的超级理想型籼—粳f1杂种将具有理想株型、根系发达、高光效、源库分配优化、氮高效、耐逆等高产特征，同时具有优良食用品质。该模型阐述了基于籼粳亚种间杂种优势利用的分子育种学理论并奠定了未来超级杂交稻设计的理论基础，为水稻生产的第三次产量飞跃提供了指导性思路。