申通快递是国内率先采用加盟制模式而实现了低成本快速扩张的企业。该公司目前共有独立网点及分公司830家；服务网点及门店5000余家，中转部62个，占地1240亩，其网点覆盖在行业排名第二，其中95%的网点采用承包经营或加盟经营模式。
业内专家介绍，2011年全年业务量将达到7.5亿票，年营业额估计约100亿元，全网总投资额约10亿元，全网络共有从业人员约10万人。
申通的快速扩张在业内有着强大的榜样力量，中通、圆通、韵达等民营企业均效仿之;反之，四大跨国快递公司及国内最具影响力的EMS、顺丰则是采取100%直营模式。
申通快递发展初期采用的承包经营，是指承包人在指定的区域内自行发展，自负盈亏，按文件每件1.5元、包裹每公斤1.5元交纳承包费（现在有所提高）。
2002年，申通快递开始推行加盟授权体制，申通总部的营收主要是单据费用和物流运输费用。在申通，每件快递都有一张单据，上面有条码、密码，加盟商无法印制。加盟商出件，必须从总部购买运单，一张0.8元。此外，所有货运必须由申通分布在全国的运输车队来运送。
加盟商在网络需要的地方设立网点，使用申通品牌，和总部形成业务合作，但双方没有股权关联。由此，松散的加盟模式管理结构成为行业诟病。此外，区域业务层层分包后，快递员的罚款成为分包商或加盟商的收入来源之一。
对此，高富根表示，番禺申通公司直属于上海申通总部管理，所有员工罚款都是执行总公司规章制度，但业务上自负盈亏。
某业内资深人士认为，对加盟制为主的民营快递公司而言，最主要的难题是一体化管控和内部利益协调，加盟商各自为政，以自身利益为中心，可能会为短期利益而牺牲质量和品牌。
2009年以来，我国先后多次整顿快递业，取缔未经许可经营的快递网点，主要针对加盟制网点。去年5月1日开始实施的《快递行业特许经营（加盟）合同》示范文本要求，加盟商必须是取得快递业务经营许可证的企业法人。目前，加盟商的注册资本提高到50万元，直接抬高了加盟商的门槛。
业内相关人士透露，中通、圆通等一些加盟制企业开始加大直营比例，逐步转型。但申通快递依旧坚持加盟路线，并认为可以通过加强管理来弥补加盟制的不足。