有机食品是卫生安全性最高的食品，其对人类健康和环保具有积极的意义。但有机食品的加工也面临着有害因素的入侵，成为企业与行业健康发展的一大威胁。
专业从事食品杀菌技术研发和设备制造的上海康久消毒技术有限公司经理沈杨先生认为：在加工过程中，应保持设施、设备的卫生状况良好，并使用合理的工具和科学的NICOLER动态杀菌技术，以保障有机食品的完整性和卫生安全性、促进有机食品产业健康发展。
措施一：有效预防是关键
据环保部有机食品发展中心的专家介绍，在有机食品加工中，为预防有害生物的发生，应优先采取以下措施：1、消除有害生物的孳生条件；2、防止有害生物接触加工设备；3、通过对温度、湿度、光照、空气等环境因素的控制，防止有害生物的繁殖。允许使用机械类、信息素类、气味类、粘着性的捕害工具、物理障碍、硅藻土、声光电器具，作为防治有害生物的设施或材料。
首先对有机加工中的鼠类、苍蝇、昆虫等有害生物的侵害，应以预防为主。首先，要定期清理、清洗加工、储存、运输设施和仓库、运输工具等，保持加工区内外环境的清洁，不使有害生物有生存的条件。多数加工厂完全有条件搞好卫生，其卫生方面的严重问题主要是由于管理不力造成的。一个企业要从事有机食品加工业，须首先解决管理方面的问题。
其次，在不能完全杜绝有害生物侵害的情况下，可采取以下应对措施：硬化车间、仓库和厂区地面，门窗安装防护网、棚栏，布设杀虫灯、机械鼠夹、粘鼠板、粘蝇纸，还可饲养能捕鼠的猫；尽量防止有害生物接触到有机食品原料、半成品，特别是成品。需要特别注意的是，在控制有害生物尤其是鼠害的时候，很多加工厂习惯于用剧毒化学品来拌诱饵，且有的就放置在食品加工和储存场所，这些都不符合有机标准要求。
第三，温度、湿度、光照、空气等方面的控制措施也是防治有害生物发生、繁殖和危害的有效手段，如低温冷藏、干燥保存、真空或密闭储存等。现代加工、仓储和运输业在这方面积累了丰富经验，这些手段基本上都是有机加工所允许使用的，因此，有机加工者应尽量多采取这些措施来控制有害生物。
措施二：选择适当的车间杀菌方式
通过了解得知，很多有机食品企业在生产过程中遇到杀菌技术局限问题，现有的紫外线消毒、化学熏蒸、臭氧杀菌等方法存在一定的局限性，属于静态杀菌技术，不能在动态情况下持续杀菌：1、用紫外线、化学药剂或臭氧对车间进行杀菌，对人体健康有危害，所以，在工人操作时，就应停止使用，因而，不能实现在有人状态下的持续动态消毒，导致消毒的中断。2、在没有任何消毒设施的情况下，细菌的迅速繁衍及人身上的发菌（新陈代谢），使得空气环境中积累了大量的污染物，导致食品菌落总数超标。
在这种情况下，可以采用NICOLER动态消毒技术与静态消毒技术配套工作，即工人上班后采用NICOLER动态消毒机；工人下班后，采用紫外线、化学熏蒸、臭氧等方法，类似白加黑感冒药一样，做到24小时不间断的消毒，彻底解决生产车间细菌二次污染问题。
所谓的动态消毒技术是指人机同场作业这样一种消毒方式：针对空气消毒时人员无需离开消毒场所，不存在任何的副作用，此种消毒方式称之为动态消毒。该技术采用最新的三级双向的NICOLER发生腔工作原理，消毒过程为：通过高压直流脉冲使得NICOLER发生腔产生逆电效应，生成大量的离子体。在负压风机的作用下，污染空气被抽进机内通过NICOLER发生腔时，带负电细菌被迅速分解灭杀，新的机理是重复三次完成以确保杀菌效果，再组合药物浸渍型活性炭等组件进行二次杀菌过滤，经过处理的洁净空气大量快速循环流动，使受控环境保持在“无菌无尘”标准。近年来，这一设备也广泛用于一些大型食品企业的包装、冷却及灌装环节。
措施三：重视环境卫生
据环保部有机食品发展中心的专家介绍，为保障有机食品质量和环境卫生，废弃物的净化和排放或贮存设施应远离有机食品生产及加工区，且不得位于生产区上风向。贮存设施应密闭或封盖，便于清洗、消毒;排放的废弃物必须达到相应标准。
从事有机食品业的宗旨是保护人类健康及生态环境，因此，有机产品加工应比常规加工更注意环境的卫生和对环境的保护，不允许以牺牲环境为代价来获取“有机产品”。否则，这样的产品不能够也不该被认可为有机产品。
有机食品认证检查员在检查时，会要求申请者出示当地环保部门在加工厂建立时所作的环境影响评价报告，对已运转多年的加工厂，也会要求加工厂出具当地有关部门出具的环境检测报告，以证明加工厂的运作没有违反环保要求、其废弃物排放也符合标准。检查员一般会在现场检查工厂的环境状况，如发现问题严重，会要求有机加工厂进行整改。