自元旦起，12306网站就处于半死不活的状态。“前访问用户过多，请稍后重试！”这是大量用户会碰上的无法登录；还有不少用户登录之后，却无法打开二级、三级页面，只有在不停地刷新；一些幸运的用户登录后成功付款，但却功亏一篑，却无法买票了。
对于“付款成功却无法购票”的情况，12306官网表示，“这是由于网络等原因导致银行的支付结果数据没有及时回传至12306网站。”
事实上，“付款成功却无法购票”的现象也可能是由网络购票的时限造成的。铁道部规定，网络购票需要在30分钟内完成，如果超时，就会重新返回售票系统，造成票没买上而钱被扣除的现象。
目前，12306网站只支持工商银行、中国农业银行、中国银行、招商银行和银联的网上银行功能，不支持第三方支付公司。“支付方式太少了，很多用户事先并不知道只能使用4家银行的网银。”一位进行过网络购票的人士表示，这会让很多用户花费很多时间来支付，最终却无功而返。
面对这样的情况，铁道部将网络购票的支付时限延长至45分钟。但这一招无异于“饮鸩止渴”。前文所述的专业人士对此表示，支付时间过长，会极大影响网站的安全性，给黑客与钓鱼网站以可乘之机。
相关人员认为，为了保证支付的安全性，网络支付有较强的时间限制。在一般情况下，提交订单15分钟内必须完成付款，否则订单取消。一般来说，从下单、支付到出票，最多在10分钟以内就可以完成了。
一位IT运维技术工程师称，“一位用户呆在网站上的时间就需要几十分钟，这会让网站变得越来越拥挤。”网站对每位用户的需求响应慢，那么用户从登录到退出登录的时间就需要更长，这样的恶性循环会让网站变得越来越不堪重负。