医改启动实施两年多来，在党中央、国务院的正确领导下，经过各方的不懈努力，五项重点改革都取得了明显进展和初步成效。其中，基层医改在动体制、建机制改革方面取得了重大突破，是整个医改中的最大亮点，突出表现在基层医改回答并解决了三个关键性问题，探索了较为清晰的改革路径。第一，抓住了基层医改的主要症结。“以药补医”渗透到医药卫生体系方方面面，是导致我国医疗卫生事业公益性缺失的主要原因，也是当前深化医改需要破解的主要矛盾。这种机制使医疗机构以逐利为导向，与药品生产、流通企业形成利益共同体，助推了药价虚高，加重了群众负担，同时导致了药品滥用，腐蚀了医务人员，败坏了医德医风，绷紧了医患关系，也摊薄了医保效果。
基层医疗机构直接面向广大人民群众，在基层首先破除“以药补医”机制，可以让人民群众尽快得到实惠。第二，明确了基层医改的方向。基层综合改革首要目标就是要使基层医疗卫生机构回归公益性，为广大人民群众提供安全、有效、方便、价廉的服务，这是新机制建设的核心。其次就是要立足保基本，使基层医疗卫生机构承担好基本医疗和公共卫生职能，实现预防为主，当好健康“守门人”，这是新机制建设的基本要求。同时，要有助于提高医务人员的积极性，通过改革形成既有激励，又有约束，既不片面追求利润，又不出现大锅饭的运行机制，这是新机制高效运行的内在动力。再就是要着眼可持续，形成稳定的投入保障机制，确保基层机构正常运行，这是新机制建设的基础。第三，找到了基层医改的抓手。“以药补医”机制运行了几十年，错综复杂，根深蒂固，破除这个旧机制要选好突破口，设计科学的转换路径，使新旧机制实现平稳对接。推进基本药物制度建设，建立基层医疗卫生机构运行新机制，这是实现新旧机制转换的基本要求，也是重要抓手。做好这项改革，必须推进“财政投入、药品招标采购、人事收入分配、创新内部管理、严格外部监管、完善医保支付方式、加强医德医风”等改革。同时，在推进新旧机制转换过程中，要把握节奏，既要积极稳妥，又要加快推进，使各项改革尽快到位，避免“夹生饭”，留下“后遗症”。
推进基层改革，建立新的运行机制，涉及到方方面面，但以下五个方面是不可或缺的，是基层医改的重要内容。
一是建立公益性的管理体制。这是基层改革的根本出发点。在基层举办医疗卫生机构，满足人民群众基本医疗服务和公共卫生服务，这是人民政府义不容辞的职责。政府举办的基层医疗机构是非营利性的公益性事业单位，举办费用和发展费用由政府负责，运行费用通过服务收费和多渠道补偿承担。同时，改革编制管理，根据基层医疗卫生机构服务功能和实际工作量核编定岗，实行动态调整，做到定编定岗不定人，固定的编制流动的人，编制数只作为聘用人员和核定收支以及确定政府补偿依据。
二是建立竞争性的用人机制。这是确保基层医疗卫生事业健康发展的根本保障。推进人事制度改革，破除身份界限，实施“按需设岗、按岗聘用、竞聘上岗、合同管理”的岗位管理制度，逐步建立“能上能下、能进能出”的用人新机制。首先要选好院长，进行公开公平竞争，择优聘任，并实行任期目标责任制。对医务人员要根据岗位的要求，在核定资质后，实行竞争上岗、全员聘用。对不具备从医资质的人员，进行合理分流，优化队伍结构。对落聘人员的分流安置要做到稳妥细致，以人为本，友情操作，确保社会稳定。
三是建立激励性的分配机制。这是增强基层活力的重要举措。对医疗机构，要建立以服务数量、质量、效果以及居民满意度为核心，公开透明、全程跟踪、动态管理的考核机制，考核结果与经费补助挂钩。对基层医务人员，首先要保障总体收入不降低。实行按岗定酬，按工作业绩取酬，把考核结果与个人收入挂钩，向一线人员、骨干人员倾斜。要加大绩效考核比例，拉开收入差距，形成有激励、有约束的内部竞争机制。
四是建立规范性的药品采购机制。这是实施基本药物制度的关键环节。这次国务院制定了新的招标采购办法，推出了招生产企业、招采合一、量价挂钩、双信封制、集中支付、全程监控等创新举措。这不仅仅是采购模式的变化，也是对药品生产流通秩序、药品供应配送模式、政府监管模式的一场深刻变革。
五是建立长效性的补偿机制。这是建立基层医疗卫生机构运行新机制的基础。要落实好财政专项补助和收支差额的兜底作用，基层医疗机构的发展经费由政府负责，运行经费按照“核定任务、核定收支、绩效考核补助”的原则，对差额部分按时足额补助。同时，发挥医保支付的重要补偿作用，调整基层机构服务收费并纳入医保报销范围。