继广州三联书店、北京风入松倒闭后，中国最大的民营书店，光合作用在10月31日关闭了所有门店。业内相关人员称，在厦门市委政府相关部门的介入下，光合作用有望获得资本注入，预计在2012年春节后其直营店将重新开业。但这家有着16年发展历史，31家门店的民营书店老大跌宕起伏的命运，还是引发了人们对民营书店未来道路的思考。
其实在创办之初，光合作用就与国有的新华书店就进行了差异化定位，主打高端，目标客户定位为大学生或上班族。店内从装修到布局都营造出温馨、简约的氛围，并设有悦读咖啡厅。按说这些都与其目标群体的诉求契合，那为什么光合作用最终还是难逃倒闭的厄运呢？主要有以下几个原因：
首先是沉重的税收、日益高企的店面租金，水电及人力成本。在税收方面，只有国营图书企业才能享受税收优惠政策。民营书店每年要缴纳营业税、13%的增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加税、印花税、盈利后还需缴纳25%的企业所得税。除了税收以外，民营书店扣除掉房租、水电等成本后，其图书销售的净利润率仅为3%。
新华书店可享受县级及县级以下书店免收增值税的优惠，同时免征企业所得税、营业税、城镇土地使用税及房产税六大税种。另外，被誉为“十大暴利行业”之一的教材销售，占据着全国图书市场40%的销售额，又垄断在国有新华书店手中，民营书店无法涉足。
其二、电商冲击。电子商务的兴起，分流了大部分的读者。图书电子商务节省了门店租金、人力等中间环节的费用，因此图书的价格较便宜。更甚者，目前很大一部分电商仅仅将低价图书作为一种行销手段，用来吸引网站客流，赔本赚吆喝的情况屡见不鲜。电商之间，以店庆、光棍节等各种理由的打折促销活动愈演愈烈，仅2010年以来，京东、当当、卓越网络书店之间至少发起3轮价格战，图书的折扣从五折持续走低至三九折，其直接的受害者只能是实体书店了。从2008年以来，通过电商渠道销售的图书年均增幅达100%。目前，电商渠道在出版社总体的市场占比增长达35%以上。
其三、在转型过程中定位不准、缺乏跨行业管理经验。譬如，08年起，光合书店开始大幅增加文化类百货商品，如CD、杂志、工艺品、文化用品等，试图利用百货商品的来补贴图书微薄的利润，然而却事与愿违。一方面，这些百货商品需要用现金进货，占用了本就紧张的资金。另一方面。在管理上没有跨行业营销经验，也没有聘请专业团队来运作，致使引进的文创产品缺乏新意，无论在品相还是气质上，都不能与书类产品融合，价格上又毫无优势可言。这样一来，店内特色变得模糊、不明确，非但没有增加书店的利润，反而使得图书的优势削弱了。
其四、大规模的扩张导致资金分散。2007-2008年期间国营书店凋敝，光合作用不失时机地大规模扩张，仅在北京就开了11家店。之后的几年里，光合作用并未结合自身资金情况放慢扩张脚步，而是进行了更大规模的扩张。如此大跨步的扩张，而在融资、贷款上，民营书店却没有优势，因此资金链非常脆弱。