由于海拔高，生长的时间更长，温差更大，高黎贡山的咖啡要比河谷的咖啡晚熟一个多月。虽然品质更好，但一年下来，20亩坡地的咖啡豆仅有9000元的收入，去除肥料、人工等开支，年净收益仅3000元至4000元。云南咖啡难题是多原因的共同结果。云南咖啡以小农户种植为主，标准化程度低、自身抗风险弱，与市场严重脱节，在国际收购方面前，咖农们没有任何话语权，常年遭低于国际期货市场零售价格的压价。
标准化程度低成为制约高黎贡山咖啡产业发展的重要因素之一。近年来，国际咖啡豆价格一路下跌，由226美分/磅跌至不足100美分/磅。由于利益有限，丛岗村的咖农们在生产周期无心管控，导致咖啡豆先天养分不足；后期采摘时，又为了省事红绿果一把捋，以至于其中的很大一部分，都不符合收购商的标准，勉强合格的拿去做速溶咖啡，其余则全是废果。
此外，知名品牌的缺失是咖啡销量难以有效扩大的另一重要原因。据了解，云南占据中国近99%的咖啡产量，千讯咨询发布的《中国零售市场前景调查分析报告》显示，但国际零售份额仅为1.7%，主要为星巴克、雀巢、麦氏、卡夫等国际品牌供货，未形成高认知度自有品牌。利润分配不均则成为制约咖农经济条件的重要因素。
整个咖啡产业链中，上游种植环节生豆的价值贡献约17.1元/公斤，中游深加工环节烘焙豆的价值贡献为83元/公斤，下游流通环节的价值则暴增至1567元/公斤，三个环节利益分配占比分别为1%，6%和93%，提供土地、人力以及咖啡豆的上游环节，几乎成了免费劳动力。
咖啡行业利润率充足，只是和咖农无关。如果现有链条不打破，云南咖农不可能靠种植致富。3月底，拼多多联合6家平台商家，以40.76万元的价格，溢价收购了建档立卡贫困户42.53吨咖啡豆等原料。