众所周知，我国内贸集装箱运输起步较晚，直到1996年12月，我国第一条内贸集装箱航线（厦门-上海）才开通，比外贸集装箱航线晚近20年，但此后发展十分迅猛，年均增长速度达到51.2%，远超外贸集装箱。尤其是2008年下半年，全球金融危机的爆发使我国的对外贸易受到重创，作为中国经济晴雨表的港口集装箱运输首当其冲，外贸集装箱吞吐量大幅下滑。
而得益于我国积极的财政政策和宽松的货币政策的实施，国内市场需求得到释放，尤其是能源、粮食及矿建材料等原材料需求增长势头强劲，使我国港口内贸集装箱运输市场出现了一枝独秀的繁荣景象。因而，各大港口纷纷加大基础设施投入，航运公司纷纷投入大吨位船舶，开辟内贸集装箱航线，我国沿海内贸集装箱运输逐渐成为一个新兴的朝阳产业。
沿海内贸集装箱货源结构。目前，我国沿海集装箱运输的货物以粮食、化工品、建材、纸浆、钢材等低值重货为主，汽车、日用品、蔬菜、水果、家电等为辅。由环渤海港口南下的货物主要有粮食、化工、建材、纸浆等；由华南、华东港口北上的货种主要是建材和轻工类产品等，特别是建材所占比例相当大。
主要沿海内贸港口格局。目前，我国从事内贸集装箱运输的沿海港口大致分布在三个区域：环渤海港口群（包括营口港、大连港、天津港、青岛港、烟台港等）、华东沿海港口群（包括上海港、宁波港等）、华南沿海港口群（包括广州港、厦门港等）。近年来，随着成都、呼和浩特、哈尔滨、昆明等一批内陆干港的建成，内贸集装箱可通过海铁联运运至四川、内蒙古、东北、云南等内陆地区，形成了覆盖全国的运输网络。
沿海内贸集装箱运输业务开展以来，港口内贸集装箱吞吐量由1999年的71万TEU增至2009年的2727万TEU，年均增长率达到44%。2009年，在全球金融危机的影响下，我国沿海港口内贸集装箱吞吐量仍保持了6.73%的增长率，而同期外贸集装箱吞吐量则下降了10%以上，两者形成了明显对比。随着我国对外贸易形势的变化，拉动内需成为近期国家重要的经济发展战略，极大地推动了内贸集装箱运输业务的快速发展。
我国内贸运输货物的集装箱化率仍然较低。目前，我国外贸货物的集装箱化率已达到80%-90%，而内贸货物仅为30%左右。以2009年上半年为例，我国港口完成货物吞吐量32.7亿吨，其中内贸货物吞吐量22.6亿吨，占69%；而同期，全国港口内贸集装箱吞吐量仅占总吞吐量的22%。可见，我国内贸货物的集装箱化率仍然偏低，尚存在着很大的发展空间。
沿海内贸集装箱运输存在的问题。我国沿海内贸集装箱运输发展十几年来，一直保持着强劲的增长趋势，前景十分广阔。但是，与外贸集装箱运输相比，其发展还相对滞后。这不仅表现在港口内外贸吞吐量上的差距，而且在软硬件管理水平和技术运用上都远远落后于外贸集装箱运输，整个内贸集装箱运输业尚未能很好地体现出集装箱运输的优势。其发展中存在的问题主要体现在：
第一，内贸集装箱运输超重现象严重。目前，我国沿海内贸集装箱运输中集装箱超重现象严重，成为内贸集装箱码头生产作业中的重大隐患。近年来，内贸集装箱码头多次发生集装箱装卸过程中吊具断裂或吊车失衡翻机等重大事故，导致砸毁吊车或其他集装箱，甚至出现人员伤亡，引起经济纠纷。据统计，目前全国水路超载箱平均比例为10%左右，并呈不断扩展趋势。这给港口基础设施和安全生产造成了极大的安全隐患。2008年，交通运输部发布《关于开展水路内贸集装箱超载治理工作的通知》，对内贸集装箱水路运输有关超载标准进行了规定。但是，目前各港口限重工作落实并未完全到位，超重问题仍然严重影响着内贸集装箱码头的安全生产。
第二，内贸集装箱码头装卸费率偏低。与外贸集装箱相比，我国内贸集装箱码头的装卸费率较低。从交通部制定的标准费率来看，内贸集装箱的装卸包干费仅为外贸集装箱的一半左右，而在实际操作中两者差距却更大。但从码头装卸作业来看，内、外贸集装箱在码头的装卸成本几乎是相同的，这就给内贸集装箱码头带来了较大的成本压力。近年来，由于受公路、铁路等运输方式的竞争以及港口码头重复建设的影响，区域内内贸集装箱码头之间竞争日渐激烈，各码头纷纷通过降低装卸费率来吸引客户，这不仅影响了港口的服务质量，更造成了码头之间的恶性竞争，严重扰乱了内贸集装箱运输市场的秩序。
第三，内贸集装箱运输业务操作规范有待统一。目前，单证不统一、信息不共享已成为制约着内贸集装箱运输发展的一个瓶颈。相比外贸集装箱运输来说，内贸集装箱运输市场准入门槛较低，从事内贸集装箱运输的码头、船公司、货代等的信息化水平良莠不齐，各船公司使用的运输单证及业务流程尚没有统一的格式和标准，因此，港口之间以及港口与船公司、货代之间很难形成标准的、统一的操作规范，造成了效率低下和责任难以划分，制约了内贸集装箱运输市场的发展。
第四，内贸集装箱码头基础设施相对落后。目前，我国主要沿海港口基本都有可供内贸集装箱装卸的码头，但专业码头数量不多。大多内贸集装箱码头是由件杂货码头改造而成，有些则是使用多用途码头装卸。码头基础设施较为落后，计算机网络建设滞后，部分码头的管理上尚存在着人工操作或人机并用的操作方式。随着内贸市场需求的不断增长和货源结构的不断优化，内贸集装箱船舶越来越呈现出大型化、专业化的趋势，尤其是2008年金融危机以来，大批从外贸航线上撤下来的6000TEU以上的船舶被转移到内贸航线上，这使得国内港口原本落后的基础设施和管理方式很难满足现代化规模运输的需要。