山东省牡丹区依托区位优势和产业特色，按照菏泽市“一核两轴四区多中心”的商贸（中国商贸行业发展研究报告）物流产业布局，科学规划，强力推进，重点在城区中部、东部和南部构建了三大商业圈，商贸物流业迅猛发展。
牡丹区结合老城区提升改造，在中心城区进一步发展繁荣牡丹商贸园区。通过整合传统市场，建设商住综合体、精品商业街、金融中心等项目，突出发展金融、商贸、电子商务等现代服务业，不断增强了中心城区的辐射带动力。目前，牡丹商贸园区拥有服装批发、五金建材、电子电器等11处专业市场、6处综合性商场、8条专业经营一条街、20家大型餐饮企业，年交易额达150亿元，成为山东省100个重点服务业园区之一。
按照菏泽市规划建设空港产业园的战略构想，牡丹区在城区东部规划建设临港经济区，加快实施济铁物流园、华润电厂二期、青岛保税港菏泽功能区等重点项目，打造对外开放和产业升级的新增长极。在城区南部建设了集仓储、加工、物流于一体的万福河商贸物流区，目前已落地建设了5个投资过10亿元的商贸物流项目，其中森博家居城、银田农贸城、居然之家菏泽店建成营业；中国牡丹商贸城一二三期运营良好，年交易额已达30多亿元;毅德新城跻身全市非工业企业纳税百强之一，城市南部建设发展的大框架已悄然形成。