虽然化肥工业在整个石化工业中的比重逐年下降，但在农业大国中的地位依然不可动摇。“十一五”期间化肥工业取得了不小的成绩，不过发展中存在的一些问题也有目共睹。
目前，化肥行业面临的能源资源约束越来越突出。化肥工业消费的煤炭占煤炭总产量比例低，议价能力差;国家天然气价格改革方案已经出台，化肥用天然气计划价格维持困难;硫资源价格主要由国际市场决定，对外依存度高;国产钾、进口钾、境外钾肥基地三足鼎立局面尚未形成，已对农业生产和粮食安全构成威胁。
产业集中度仍有待提高，产能过剩问题依然存在。氮肥目前产能过剩20%，大量高浓度磷肥产能需要通过出口消化，如何合理淘汰落后产能保持产能平稳和有序竞争是政府和行业面临的重要问题。
农化服务和科学施肥发展缓慢。复合肥和新型肥料行业鱼龙混杂，推进科学施肥难度大。虽然关于我国肥料利用率的说法尚无权威数据，但局部地区确实存在过量施用和肥料利用率不高的问题，提高肥料利用率任务紧迫。基础肥料企业如何贯穿肥料生产—农化服务—科学施肥的整个链条，实现效益最大化，长期以来未有好的模式。
“十二五”期间，化肥刚性需求依然存在，但我国化肥消费正在趋向峰值。“十一五”期间化肥年消费量在6300万～6600万吨，在此基础上，我们提出了2015年化肥需求6610万吨的目标。这一目标是预测性的，兼顾了工业、农业、科学施肥等因素，但实际消费可能低于此目标。
根据化肥工业目前存在的问题，《化肥工业“十二五”发展规划》提出了行业“十二五”发展主要目标和重点任务。首先要保证供应，维持产品价格的基本稳定。氮肥、磷肥继续保持自给有余，钾肥保障能力由56%提高到60%以上，肥料品种和服务基本满足科学施肥的需要。总量不宜大幅增长，而是以优势产能替代落后产能为主。
在产业集中度上，到2015年，氮肥、磷肥和复混肥企业数量要大幅减少，大中型氮肥企业产能比重达到80%以上，大型磷肥企业产能比重达到70%以上，2家大型钾肥企业集团规模进一步壮大。要加快兼并重组，鼓励化肥企业和能源企业重组，提升整体规模效应，解决原料保障问题。
在产品结构上，不再强调高浓度肥料的比例，“十二五”品种优化主要以提高肥效、提高肥料利用率、降低污染、降低农业成本为目标。主要包括进一步提升尿素、磷铵等基础肥料的质量，发展硝基肥料、液体肥料、缓控释肥、新型钾肥等多元肥料，鼓励复合肥料、中微量元素肥料等。
在技术进步上，采用先进煤气化技术的氮肥产能比例要从目前的15%提高到30%，年产45万吨合成氨和80万吨尿素(或以上规模)装置要实现自主化。不断提高中低品位磷矿石和磷石膏的利用效率和水平。氯化钾生产技术要不断提高，盐湖卤水制取硫酸钾技术要进一步完善。掺混肥料技术和装备要实现产业化。
在产业布局上，鼓励企业在内蒙古、新疆、宁夏、黑龙江等能源产地和粮棉大省建设大型尿素基地。对已建成的滇、黔、鄂、川大型磷肥基地进行深加工、精细化、综合利用等方面的完善。对青海钾肥基地进行资源配置优化，新疆则要推进钾肥二期项目的建设，但重点是要突破境外钾肥基地的建设，力争2015年在境外建成200万吨氯化钾生产基地。在重点消费区域建设复(掺)混肥的加工、分销和应用体系。
为实现上述目标和任务，国家应针对化肥工业的技术改造，继续给予资金、政策的支持。制定相关的准入条件，并对于退出企业和淘汰的落后产能制定一定的补偿政策，为技术创新的企业配套支持政策。在市场调控方面，政府要保持进出口政策的稳定，进一步完善向生产企业倾斜的淡季商业储备制度，以及不以盈利为目的的国有储备制度。国家发改委、工信部和行业协会要加强对行业的运行监测。
对化肥企业来讲，如何实现转型升级?转什么呢?企业要科学、客观地分析市场竞争情况和企业竞争能力，明确企业的发展方向，是做单纯的化肥企业还是转型为综合性化工企业，还是放弃化肥产业。
化肥企业之间或与能源企业的联合，要根据企业的特点和能力针对性地寻找联合对象。根据条件，研究把东部地区的化肥产能转移到具备资源优势的西部地区的可能性。加强服务体系建设，延伸化肥产业链，实现上下游一体化发展。企业要探讨国际化和“走出去”的可能性，成熟的氮肥、磷肥企业可以输出技术装备，钾肥企业则要探讨建设海外基地的可能性。