福寿沟博物馆在展陈上利用镜面、投影、结构、艺术装置等互动体验方式。博物馆首次展示了一段已挖掘的罕见的双沟遗址，让游客零距离感受赣州先人造城、治城的高超智慧。沉浸式虚拟漫游，带给观者一场“真实”的穿越之旅。
千讯咨询发布的《中国博物馆市场前景调查分析报告》显示，福寿沟博物馆总共三层，地上两层，地下一层。大厅色彩明亮，风格雅致，打破了传统的冰冷展陈模式。二楼主要是博物馆的特展区、研学区、办公区，一楼、负一楼是主要的展陈区域。展陈区域由序厅、福寿溯源、福寿智慧、海绵城市、他山之石、传承后记六大部分组成，展陈方式突出采用图片、文字及多媒体等技术手段。
系统、真实、有趣地展示福寿沟的修建背景、结构组成、建造技艺、科学原理，让游客充分感受赣州先民精益求精的工匠精神，充分见证人类古代水利史上不可复制的历史奇迹。在博物馆负一楼，利用一段已挖掘的福寿沟遗址，在保护真实遗址的基础上，展现福寿沟的原真情景，实现与游客的零距离接触。
福寿沟博物馆的建设作为千年福寿沟保护与传承项目的其中一项内容，从一开始就备受关注。2016年9月，福寿沟保护与传承项目正式获批，11月正式启动项目建设。