泉州有南音专业表演团队——泉州南音传承中心，专门保护机构——泉州非物质文化遗产保护中心，和南音艺术研究院、福建省泉州艺术学校南音专业班、泉州师范学院南音学院3个研究机构。近5年，共认定36名代表性传承人。此外，当地支持民间开展传习活动，目前有南音社团200多个，社区活动点约300个。其中，惠安县洛阳镇在老年协会配合下，年年举办南音交流会演，截至目前已举办24届。
泉州市积极开展南音资料的收集整理工作，组织专家进行全面盘点，造册登记，出版了《明刊戏曲弦管选集》《清刻本文焕堂指谱》《袖珍写本道光指谱》《弦管指谱大全》《弦管古曲选集》等20多种曲谱、指谱；实施“泉州南音记录工程”，全面系统录存古曲，组织传承人和技艺较高的演奏者，千讯咨询发布的《中国艺术市场前景调查分析报告》显示，对65套极具代表性的指谱和艺术性高但唱奏难度较大的100首曲目，进行唱奏并同步录音录像；征集海内外已经去世或年事已高的名家的录音资料。泉州地方戏曲研究社组织力量对老唱片进行清洗翻录。
在当地文化和教育部门共同推动下，南音走进中小学音乐课堂，并编辑出版《泉州南音基础教程》等教材。每年暑期，举行中小学生南音比赛，培养了一大批南音新苗新秀。近年来，已建立常设性的南音社区活动平台50多个，进校园、进社区开展公益性演出、讲座、培训、展览等1100多场。泉州师范学院于2012年开办了全国首个南音研究生院。