首批2000多件文物入驻。这座规模宏大的博物馆，总建筑面积达5.5万平方米，正式运行后，将拥有各类馆藏文物近70万件，其中包括明代以来直至1948年的30多万件孔府私家文书档案、宋代以来4万多册善本古书、8000多件明清衣冠服饰以及大量与祭祀孔子有关的礼乐器等。
受限于缺少展览展示条件，长期以来孔府内的文物很少有人能够见到。千讯咨询发布的《中国文物市场前景调查分析报告》显示，这里文物数量惊人：35类全国可移动文物中，孔府文物涵盖34类，文物藏品多达69万多件、约34万套，可移动文物数量列全国前十、山东省第一。走进这座由两院院士吴良镛担纲设计的博物馆，肃穆、庄重之感扑面而来。序厅是孔子博物馆最重要的视觉中心，孔子和山的形象，通过照明变化在乳白色书墙上慢慢呈现。顶棚设计了可发光和多媒体星空两种视觉效果，通过多种艺术方式和高科技把序厅塑造成一个庄重、肃穆、纯净的空间。
孔子博物馆的常设展陈分为3个部分：上行空间展线以“孔子的时代、孔子的一生、孔子的智慧、孔子与中华文明、孔子与世界文明、永远的孔子”六大部分构成，是展示孔子文化的主展线；下行空间展线以展示孔府诗礼传家的历史及孔府历代珍藏为主，专门体现孔子博物馆馆藏文物丰富性、独特性。
特色展厅陈列曲阜著名的碑刻及汉画像石。同时，博物馆设立孔子圣迹图大型互动厅、孔子讲学堂全息技术体验厅，还将利用现存典籍资源打造世界最全的儒学典籍图书馆。国家一级文物、清乾隆御赐青铜器“商周十供”，被展陈在“孔庙祭祀”单元中。作为孔府御赐文物的代表和国宝级文物，“商周十供”是我国稀有的完整成组传世的青铜器瑰宝。