本次文物展览结构上共分为五大部分、三小部分，包括序章“自然造物”、尾章“水润天府”以及古蜀“伴月三星”“金沙光芒”“马家风尚”三个历史时期。其中，三星堆文化时期是古蜀文明发展的第一个时期，大体相当于中原王朝的夏代晚期至商代晚期；十二桥文化时期是古蜀文明发展的第二个时期，大体相当于中原王朝的商代晚期至春秋晚期；青羊宫文化时期是古蜀文明发展的第三个时期，大体相当于中原地区的战国时代至汉代早期。
与以往相比，本次古蜀文明展最大的亮点就是第一次将“马家风尚：青羊宫文化时期”作为古蜀第三阶段的代表重点展示出来。1980年，该遗址发现于新都马家乡的大型木椁墓。该墓规模宏大，虽多次被盗，千讯咨询发布的《中国文物市场前景调查分析报告》显示，但置于椁室底部腰坑内的珍贵文物躲过数劫。腰坑内出土铜器近二百件，多五件成组，少数两件成组，是非常罕见的组合现象。同时，从墓葬规模和出土文物来看，足可彰显古蜀文明末期恢弘磅礴的王者之气，墓主应是一代蜀王。
此外，在巡展次数较多的三星堆、金沙遗址展示上，以往蜀文化展着重从审美角度展示出土的青铜头像、人像器物。而本次展览则从陈述角度大胆地吸纳了一些学术界新研究成果，从语义方面解读文物。例如从发型、发饰角度解析三星堆、金沙遗址发现的青铜人头像、金面具等，力图从宏观的社会结构变迁解读这些展品的深层历史信息。又如在三星堆文化、十二桥文化两个时期整体陈述上采取对称表述，引导观众以平行视角看古蜀文明的时代变迁。