农村集体资产股份权能改革给集体和农民带来了实实在在的好处，形成了既体现集体优越性，又调动个人积极性的农村集体金融经济运行新机制，试点工作成效明显。尤其是通过发展农民股份合作，创新了集体经营方式，集体经济发展成果按股分红，实现了“分股合心、联股联心”，群众更加关心集体，集体和农民的利益联结更加紧密，从制度上最大限度地维护了成员的财产权利，有效地增加了农民的财产性收入。
在推进改革试点工作中，虽然取得了一定成效，据千讯咨询发布的的《中国金融市场前景调查分析报告》显示，但在发展壮大村级集体金融经济、健全村集体“三资”监管等方面还存在不少问题和困难。以晋江为例，许建林提到两点，一是村级集体经济水平有待提高，二是健全完善农村集体“三资”监管平台。近年来，各级出台了多份扶持发展村级集体经济政策。
从实际操作来看，推进项目实施，还存在诸多困难，特别是项目用地手续精简，缺乏法律法规支撑依据，而用地和规划手续报批需按照既定的法律法规规定执行。许多村级策划生成的集体项目，因用地规划等问题，需经省级国土、住建部门审定，项目无法快速审批落地，加上手续办理需要大量费用，导致村级发展集体创收项目意愿不强。
从广东、浙江等先进地区来看，都有针对村级集体经济发展出台了专项政策，对农村土地资源的利用和整合提出了有关措施。晋江市建议国家、省出台专门扶持政策，减轻村级在用地、用林等报批方面的规费，简化相关手续，减轻基层负担。在针对“三资”监管方面，晋江市建议国家、省上启动建设覆盖县、镇、村三级互联互通的农村集体“三资”管理服务平台。
平台建立后，县级管理部门可以实时监控各镇、村集体经济组织的财务状态、资产变动、合同签订和履行等情况，针对集体资产异常变动、大额资金使用、经济合同签订履行和终止等经济活动情况，可以自动作出风险提示或预警，切实起到防范重大违法、违法问题。