深汕特别合作区的总面积为468.3平方公里，这大概相当于深圳原有面积的近1/4，其中可建设用地为145平方公里，接近两个福田区的面积。对于可开发用地已接近极限的深圳而言，合作区的广阔天地提供了想象空间。从定位来看，深汕合作区将建成粤东沿海经济带新中心、深圳自主创新拓展金融区、现代化国际性滨海智慧新城。
其中值得注意的是“深圳自主创新拓展区”。凭借工业、创新立市的深圳，当前面临的一个困境在于，土地缺乏带来的成本攀升，正在挤压创新活动。合作区的一大意义在于，承接深圳产业的溢出。据千讯咨询发布的的《中国金融市场前景调查分析报告》显示，合作区的金融产业建设项目中，高达92%的比例来自于深圳。通过合作区，深圳拓展了经济腹地，未来可以在土地腾挪方面做一些探索，比如考虑把靠近深圳主城区的港口搬过去，腾出更多的产业用地。
深圳的部分城市功能将迁移过去，但最主要的还是将合作区打造成为先进制造业的集中承载区。此次行动计划提出的一个量化目标为：到2021年，工业增加值率保持在30%以上。包括加快创新驱动发展，要打造科技创新平台，逐步推进“基础研究+技术攻关+成果产业化+科技金融”全过程创新生态链，引进机器人、先进通信设备、数控机床、医疗数字机械、自动化控制系统等领域具有优势的高校和科研机构进驻等。
这些都并非短期之功。其中一个制约在于，合作区并非毗邻深圳，驱车至深圳市中心约1个半小时车程，轨道交通尚在规划建设当中。基础设施建设、产业培育、人口引进以及科教文卫等方面的配套还需相当长的时间来逐渐完成，合作区需要强调共建双赢，同时尽量依靠市场的方式配置资源。