因粤港澳三地之间存在创新发展的思想观念不同和深层次体制机制障碍，导致粤港澳大湾区创新要素流通依旧不便、金融创新资源开放共享仍然不足。粤港澳大湾区当前最为核心的任务就是如何实现协同创新，通过完善创新合作体制机制、优化跨区域合作创新发展模式，最终实现湾区内部城市群共同推进创新。
构建粤港澳大湾区协同创新生态体系，要促进深港、广深、珠澳等城市间在创新领域的“双城联动”，进一步完善湾区“基础研究+技术开发+成果转化”创新链发展。据千讯咨询发布的的《中国金融市场前景调查分析报告》显示，金融创新链条是一个有机体系，从上游到下游包含了无数环节，任何一个城市都无法覆盖创新链的全过程。无论从空间布局还是产业链角度，大湾区各城市之间从基础研究到产业化的过程都应该存在区域的分工和协同。
要打通湾区“基础研究+技术开发+成果转化”的创新链条，双城联动确实是一个突破口。香港作为国际城市，其基础研究实力和知识产权保护力度在粤港澳大湾区城市群中首屈一指，但缺乏产业支撑体系和市场；深圳背靠国内庞大的市场，在应用技术开发上具有优势，却受制于科研力量的短板。
具体而言，在国际科技创新领域，如果深圳的科技创新模式更有成效，可以引进到香港；如果香港在国际城市建设、连接国际等的运作模式效率更高，也可以推广到大湾区的九个内地城市。粤港澳大湾区内既有类似华为等“顶天立地”的大企业，又有“铺天盖地”的中小企业，而大中小企业在科技创新特别是关键领域技术创新中各自发挥着不同的作用。因此，民建中央在前述提案中提出要构建大中小企业协同的创新体系。
基础科学研究的周期长、风险大，相对于中小企业，科技型大企业有更充足的能力和资源去部署前沿的科技创新，进军科技“无人区”。