早在2013年6月，央行发布《支付机构客户备付金存管办法》，其中要求，金融支付机构接收的客户备付金必须全额缴存至支付机构在备付金银行开立的备付金专用存款账户。但是，支付机构将客户备付金以自身名义在多家银行开立账户分散存放，客户备付金的规模巨大、存放分散，存在一系列风险隐患。
比如，客户备付金存在被支付机构挪用的风险；许多支付机构通过扩大客户备付金规模赚取利息收入，偏离了提供支付服务的主业，等等。据千讯咨询发布的的《中国金融市场前景调查分析报告》显示，央行开始探索建立金融支付机构备付金集中存管制度，经历了“从0到1”的跨越。
2017年1月，央行印发《实施支付机构客户备付金集中存管有关事项的通知》，自2017年4月17日起，支付机构应将客户备付金按照一定比例交存至指定机构（注：即有客户备付金存管资质的商业银行）专用存款账户，该账户资金暂不计付利息。首次交存的平均比例为20%左右，最终将实现全部客户备付金集中存管。
自2017年6月起，央行货币当局资产负债表新增“非金融机构存款”项目，即支付机构客户备付金存款，2017年6月末为840.77亿元，最新数据显示，2018年11月末，为1.24万亿元。2017年8月，央行发文要求“断直连”，即切断支付机构直连银行模式。自2018年6月30日起，支付机构受理的涉及银行账户的网络支付业务全部通过网联平台处理。但业内普遍认为，银联和网联业务存在重叠，支付机构也可以接入银联。
以前在直连模式下，都是商业银行管理备付金，现在要“断直连”，银行肯定不能再管理了，所以要100%交存央行。于是，2018年5月，央行小范围召开会议，研究接管支付机构备付金集中存管账户，计划试点，征求意见，支付宝、财付通等26家支付机构参会。央行支付结算司将根据试点情况适时调整试点机构范围，条件成熟后推广至全部支付机构。
不过，后来并未试点，而是在一个月后，即6月，央行办公厅正式下发《关于支付机构客户备付金全部集中交存有关事宜的通知》，自2018年7月起，按月逐步提高支付机构客户备付金集中交存比例，到2019年1月实现100%集中交存央行。