总部经济的“经济效应”是显而易见的，一方面是金融产业和税收的乘数效应。一个城市汇集众多制造业巨头，可以带动现代服务业的发展，同时也能获得企业税收贡献和高薪白领阶层的个人所得税贡献；其二是就业和消费的带动效应。
总部经济无疑能为所在城市提供相当数量的高知识群体的就业岗位，据千讯咨询发布的的《中国金融市场前景调查分析报告》显示，也能为金融生产基地所在欠发达地区提供众多的蓝领就业岗位；而就业率的提高，无疑也能够刺激消费的增长，这主要包括企业商务活动、研发活动消费，以及白领阶层和蓝领工人的个人消费等。此外，大批国内外企业“迁都”入驻，还能够提高区域的知名度，加快城市国际化进程。
企业内部的结构分离，难免会带来组织协调成本的增加，因此，总部经济要想获得良性互动，就必须让企业的“头脑”和“身体”分而不离，地方政府不仅要推动基础设施建设，规范市场秩序，更主要是促进生产要素的合理流动。值得关注的是，近年来，一些城市将发展总部经济做为重中之重，城市间竞相“拉拢”企业总部落户的做法，已经步入恶性循环的地步。
近年来，越来越多的制造企业关闭或外迁，大城市制造业“空心化”现象日益严重。从国际一些大都市看，许多大城市在制造业转移后持续繁荣的背后实际上是服务业越来越处于经济支撑地位，总部需求所形成的生产性服务成为中心城市经济中最活跌、最有支撑力的经济主体。就国内而言，北京、上海、广州、深圳这样的现代化大都市才适应企业的这种要求，尤其是在加入世贸组织后，中心城市的经济辐射作用明显加强，这种独特的区域优势，对于提高企业在国内国际市场竞争中的快速反应能力，具有极其重要的作用。
总部经济是一把双刃剑，淡漠与狂热的经营思路都是不可取的，尤其是只为了眼前利益而不惜牺牲长远利益的盲目攀比的陋习更应及早摒弃。尤其是企业“迁都”热给政府角色的转变、管理职能的重新定位提出新的课题。