近年来，人民币国际化稳步推进。相应地，人民币跨境支付结算需求不断增长，对支撑人民币国际化的金融市场基础设施提出了更高要求。为此，人民银行加快建设CIPS（二期），进一步提高人民币跨境资金的清算、结算效率，为全球用户的人民币业务提供更为稳健、便捷、灵活、高效的清算结算服务。
全面投产后，系统运行时间延长至5×24小时+4小时，实现对全球各时区金融市场的全覆盖。目前，CIPS（二期）系统工作日的运行时间为上午8∶30至次日8∶30，特殊工作日的运行时间为凌晨4∶30至次日8∶30。系统升级后，千讯咨询发布的《中国人民币市场前景调查分析报告》显示，人民币跨境支付系统营运时间的延长，能够更好地服务海外人民币使用者。在二期试运行期间，美国和加拿大等国家和地区的客户积极通过汇丰中国在人民币跨境支付系统夜场进行跨境收付。
CIPS（二期）主要运行时序为日间业务处理、场切、夜间业务处理、业务截止及日终、营业准备，其中，日间及夜间业务处理实现无缝衔接。而CIPS（二期）系统主要业务功能包括：实时全额客户汇款、金融机构汇款，定时净额批量客户汇款，金融市场付款交割（DVP）、人民币对外币同步交收（PVP）及中央对手资金结算（CCP）。在CIPS（一期）提供实时全额结算（RTGS）模式的基础上，CIPS（二期）新增了定时净额结算（DNS）模式，实现混合结算功能。
RTGS模式适用于时效性强、金额大、逐笔的支付业务场景；DNS模式适用于频次高、金额小、笔数多的支付业务场景，在设计上综合权衡了安全与效率，并采用流动性节约算法，便于参与者的头寸管理。