虽然深圳实体经济目前保持着良好健康的发展势头，但是，由于受空间不足、成本较高等各种因素影响，实体经济曾经面临这一系列挑战。其中一个广受外界关注的问题是，一些深圳企业的外迁趋势。受土地厂房租金、员工工资、原材料成本等要素成本上升，以及内地大力度的招商引资优惠政策等多种因素影响，深圳有相当一批企业已“先行一步”，在深圳周边、内地，以及印度、东南亚等地有计划地开展工业产业转移。
在深圳外迁的企业中，已有大多数不再是低端落后的制造型企业，而是先进制造业，尤其包括了一些大中型企业，该报告同时警示当地产业不要陷入“空心化”。2016年，深圳二三产比例为39.50:60.46，其中第二产业增加值7700.43亿元，同比增长7%，第三产业增加值11785.88亿元，同比增长10.4%，第三产业占GDP比重突破六成。
对此，当时有观点表示，深圳二三产业的比例已经接近临界点，制造业不能再退。盲目追求第三产业的比重会影响城市竞争力，据千讯咨询发布的《中国工业市场前景调查分析报告》显示，会造成工业产业空心化，深圳的定位是创新型城市，创新一定要有制造业的支撑，否则创新容易成为无本之木。
企业的迁入迁出是市场机制下的企业行为，有多方面原因，有些是因为企业规模做大后需要在多地甚至全球进行布局，有些则是出于企业的产品没有竞争力而需要搬迁转移，有些是企业发展得很好，但因生产空间不够而需要搬去生产空间和政策优惠较大较多的地方，有些是企业认为生产要素成本高了，要迁到地价便宜和劳动力充足的地方等。