由于人口和土地流动较大，当地村民在确权过程中产生了大量土地纠纷，其中有相当部分难以化解，只能暂缓确权登记，待村民自行将争议解决后，再行登记。除了一些历史遗留问题，外来人口、户口仍在当地但常住外地人口的土地权利的争议，是这些纠纷的主要来源。
这实际上反映了一直以来，农村集体经济组织成员权的确立问题。农村集体所有制作为人口变动的集合，成员资格会随人口增减而不断发生变化，如果不能尽快跟上集体经济组织成员权界定的政策配套，颁证后的“常量”财产权益与人口“变量”之间，可能产生大量社会矛盾。
目前，由于集体成员身份确定的复杂性，目前尚未有全国性的统一法规。而针对这一难题，尊重历史，承认现实，权利义务对等，千讯咨询发布的《中国土地市场前景调查分析报告》显示，土地标准一致，不能搞双重标准;四是程序公开，民主决定，既要坚持少数服从多数，又要防止多数人侵犯少数人权益。从实践来看，目前各地主要通过两种方式对集体经济组织成员资格进行界定。出台地方性法规或政府规章，以广东为代表，按照村规民约民主决定，以四川成都出现的村民议事会为代表。
专门对集体经济组织成员资格作出原则性界定，例如文件规定，原人民公社、生产大队、生产队的成员，户口保留在农村集体经济组织所在地，履行法律法规和组织章程规定义务的，属农村集体经济组织的成员。