在我国经济进入新常态的背景下，农产品加工业也面临着转型升级的压力，一方面市场需求在下降，另一方面刚性成本并没有随着经济增长的下滑而降低。“因此，亟须积极推进农业供给侧结构性改革，以扩大有效和中高端供给。但是税负重给农产品加工业的成长带来较大压力，影响了企业进一步做大做强。”
根据千讯咨询发布《中国工业市场前景调查分析报告》显示，我国对农产品加工企业，一般以初加工和深加工作为区别增值税税率的标准，农产品初加工产品的税率为13％，农产品深加工企业的税率为17％，这样对于深加工企业而言由于4个点的增值税税负不能抵扣，就处于较高的税负状态，比其他制造业多了4个点的税负需要承担。
据调研，农产品加工企业平均税负约占销售收入的8％－10％，而利润仅为销售收入的3％－5％。“营改增”虽然给企业降低了一点缴税负担，但减轻效果不明显，与这4个点的税负相比更是相差巨大。