福建自贸试验区的成立，是国家基于一国两制思路从经济角度的一次尝试。从国家政治层面考虑，福建自贸试验区的最大战略意义就是与台湾地区的联系与沟通。通过与台湾地区进行更加密切的经贸合作与安排，使两岸关系得到加强，使经济向纵深发展形成更深的联结。通过更大范围的对台开放，吸引台商及台企更多地参与大陆经济发展，使大陆与台湾的经济贸易（贸易项目可行性研究报告）往来更加频繁，促进两岸人民更好地交流。
福建作为国家支持台湾建设的重要前沿，拥有丰富的基础资源，在承接台湾产业转移与促进两岸产业融合方面具有相当多的优势。通过福建自贸试验区，可扩大服务贸易领域的对台开放，使两岸服务生产要素更加自由地流通，推动两岸经贸合作的深层次发展。在人民币业务方面，海峡两岸通过福建自贸试验区开展跨区人民币结算是其一个重要的金融发展使命。
我国大力推行的四大自贸试验区（上海、天津、广东和福建自贸试验区）都将以国家总体战略为立足点，在充分发挥自身区域优势的基础上在协同发展方面大有作为。各个自贸试验区肩负不同的具体任务，但在整体上服务于国家的改革开放大势，并与新战略，如“一带一路”、京津冀协同发展、长江经济带、粤港澳经济融合、两岸经贸交流等，进一步形成合力，相互探讨新方法，在全国范围内形成多层次、多领域、全方位的高级别的一体化发展。