深港通的意义主要体现在长期作用上。首先是A股市场（A股市场项目可行性研究报告）的国际化进程。A股国际化是一种趋势，表面上看是参与到了全球资本的竞争，但实际结果是好事还是坏事则无法在当前得出结论。除了有助于A股国际化，深港通能够推动人民币国际化的进程，让人民币通过香港交易所成为国际资本市场中的投资货币，使其作为投资货币的规模不断扩大，有利于其成为他国的储备货币。
其次，深港通能够推动国内资本市场的健康成长。由于A股通过深港通进一步实现国际化，也就意味着将有更多的境外资金可以进入到A股市场。如果A股市场希望吸引大量热衷于价值投资的境外资金，就必须对自身进行严格的监管，对违规行为绝不姑息。需要注意的是，A股健康成长并不意味着股市必然能够走牛，而是股市中“坑蒙拐骗”等违法违规现象得到有力地遏制，市场逐渐进入到以公司业绩为主的价值投资之上，真正成为经济的晴雨表。
最后，深港通有助于为未来各式各样的“沪*通”、“深*通”等打下基础，毕竟沪港通和深港通的实现，意味着无论是制度还是技术都达成了统一的共识。将来，这种经验有助于A股和全世界资本市场实现真正意义上的互通互联，并通过资本市场的互通互联实现与各国、地区之间的金融合作，实现共赢。