农信社改革是理顺中央和地方金融（金融项目可行性研究报告）监管的一个重要交叉环节。深化农信社管理体系改革应以系统治理机制为重点，突出风险防控和合规导向。一是对拟实行省级机构控股县级机构的改革模式，应重视其控股比例，如控股比例过低则不利于发挥省级机构基本功能。县级农信社理事会负责人的产生应以规范执行选择制度为基础，以发挥股东大会的制衡功能为根本，以省联社监督为保障。二是加强省级机构对县级机构风险防控机制建设。
完善电子化并表管理机制。通过电子化非现场检查和审计，加强风险防控监督机制的动态性、实时性，以此为基础，加强现场检查的针对性。改进省级机构的管理方式，从风险防控出发，加强规则管理，对日常运作减少行政干预。针对管理层剩余权力完善外部制衡机制，完善配套法律法规，通过专业化、全覆盖的财务审计和管理审计完善监督，将责任追究制度作为管人的根本手段。加强农信社系统内部的信用联合，建立健全系统内部的存款安全保障机制，提高保障水平，有效防止小银行存款流失。
顺应市场规律，在总体保持二级法人体制和县级法人稳定的前提下，对于一些经济相对欠发达地区规模不经济、脱困有难度的县级法人，应及时推进资产重组和同级机构兼并，以避免在利率市场化改革推进过程中包袱越滚越大，以致酿成局部风险。