尽管我国冬虫夏草（中国冬虫夏草行业发展研究报告）行业的发展取得一定的进步，但还存在诸多问题，突出表现在：
一是野生资源逐年萎缩，生态破坏愈演愈烈。据统计，20世纪50年代以前全国年产量曾达100吨以上，60年代初为50吨至80吨，到９０年代仅有5吨至15吨。虽然有关部门将冬虫夏草列为国家二级保护物种，各地政府也出台政策禁挖、限挖，但对冬虫夏草的采挖并未得到遏制。
二是人工培育尚有许多课题亟待解决。全国先后有60多个科研单位参加冬虫夏草研究，但在人工培育的菌种接种、重复批量培育出子座上还有一定困难，要完全实现人工培育还有相当距离。野外大面积半人工培植冬虫夏草虽几个地区展开，也还有许多技术问题需要解决。