首先，生物医药行业（中国生物医药市场前景调查分析报告）最大的风险就是此行业投资额度巨大且开发时间不可预测，即技术风险。生物医药、生物技术最大的特点就是研发周期长，耗费大，实验结果不可预测，正所谓高投入、高风险、高收益，在国外一个新药开发动辄几亿美元，我国一个一类新药耗几千万人民币都是司空见惯之事。且每一个生物医药项目都面临着当前科学技术手段不能完全实现预想目标的风险，以及存在科研成果产出周期比预期长的风险。
其次，知识产权风险。目前国内已经有300余家较大规模的生物企业，但是这些企业开发的基因工程药品中，绝大部分属于仿制品。真正具有自有知识产权的可谓是凤毛麟角。
第三，重复投资的风险。产品种类重复生产过度，一来会加剧生物医药企业的竞争，导致产品利润下降，使得企业很难有现金支持开发新的产品，形成恶性循环；二来最后会导致一大批生物医药企业生存难以为继，甚至倒闭。
第四，生物医药公司的成长规模有限，很难做大。生物医药公司的规模普遍不大，往往只有几十人，资本累积有限。增长速度有时也可以达到两位数，但是整个产业的销售额很小，大部分企业基本上还没有利润。
第五，市场风险。生物药品一般都是处方药，其销售和广告活动在我国受到严格的管制。因此，即使生物药品开发成功，也将面临生产批文和市场推销两道关口。
第六，也是人员素质风险。目前，生物医药行业内投资者很少有专业背景，而生物医药行业的融资项目几乎都要涉及人类生存的需求，所以几乎都能给非专业投资人以非常重要和盈利前景非常广阔的感觉。
在冬虫夏草行业关联行业中，处在渠道端的零售商存在较大的风险，从这次金融危机可以发现许多零售商资金被套进去，无法进行正常的周转，尽管这种情况不常见，一旦发生，产品价格下降幅度大，这些零售商就会存积大量库存，增加了保存成本，市场不明朗的情况下，给零售商的信心打击，迫使低价出售，造成一定的损失。