山东疫苗案的爆发使得疫苗企业面临严厉的政策考验。在行业洗牌之际，广东省珠三角地区免费疫苗供应仍紧。据了解，从2015年10月开始，广东省一些地区免费疫苗供应紧张，不少家长遭遇到“一苗难求”的情况。广东省疾病控制中心相关负责人表示，受一些企业产能不足和投入使用前批签发周期较长的影响，目前卡介苗、A群脑膜炎球菌多糖疫苗(以下简称A群流脑疫苗)尚有短缺情况，何时能够恢复还需看厂家。9月26日，成都生物制品研究所有限责任公司一位工作人员称，去年开始工厂进行为期一年的改造，导致卡介苗产能不足，目前已基本恢复供应，“我们也很着急，不过广东这边很快就能正常供应了。”
广州番禺区杨小姐的女儿快满7个月了，但6月龄的A群流脑疫苗至今无货。医院和社区卫生中心多次告知她缺货。从2015年10月开始，广东省一些地区免费疫苗供应紧张，不少家长遭遇“一苗难求”的情况。广东省疾控中心通报称，由于生产企业产能不足，广东省部分地区的麻风联合疫苗、麻疹疫苗、麻腮风联合疫苗、卡介苗、A群流脑疫苗出现短缺。经加强协调和沟通，2016年6月起，麻疹疫苗、麻风联合疫苗、麻腮风联合疫苗基本恢复正常供应。目前深圳市脊髓灰质炎减毒活疫苗、脊髓灰质炎灭活疫苗、A群流脑疫苗、A+C群流脑疫苗四种免费疫苗缺货，其中脊髓灰质炎灭活疫苗上报7万支，却1支未供应。
“截至9月中旬，卡介苗、A群流脑疫苗、A+C群流脑疫苗、脊髓灰质炎减毒活疫和脊髓灰质炎灭活疫苗暂时短缺，何时恢复供应要等省疾控中心通知。”东莞市疾控中心一位工作人员介绍，东莞市疾控中心供应各镇街预防接种门诊的儿童用一类疫苗是由广东省疾控中心采购、分发和配送。今年5月，广东省政府采购中心发布2016年中央补助广东省免疫规划项目(白破、卡介苗、A+C、A群流脑、麻腮风、麻疹、百白破、乙脑疫苗)公开招标公告，但卡介苗因投标厂家不足三家而遭遇废标。根据食药监总局数据库资料，目前国内只有同属于中国生物制品研究集团旗下的两家子公司成都生物制品研究所和上海生物制品研究所具备卡介苗的生产资质。其中，成都生物制品研究所工作人员表示，广东区域的卡介苗由他们负责生产，过去一年由于工厂设备升级，造成产能不足无法供货，但目前已基本恢复正常。
上海生物制品研究所的工作人员则称，他们只负责生产，销售由集团负责，不清楚广东区域卡介苗断货的情况。东莞市疾控中心表示，上述一类疫苗预计明年1月才能恢复供应。有业内说法认为，由于一类疫苗价格过低，企业可能不愿意投入研发。《南方周末》今年6月报道称，脊髓灰质炎灭活疫苗二类疫苗每剂售价大概为140元~190元，如果纳入一类疫苗，采购价将降低至30元~40元。有疫苗企业人士表示，该疫苗研发多年，投入巨大，才刚刚上市，并不希望以低价进入一类疫苗。