能否进入医保，不是国家药品价格谈判机制面前唯一的坎儿。国务院发展研究中心宏观经济研究部副研究员江宇说，作为药品（药品市场发展研究及投资前景报告）定价新机制的重要探索，即便能顺利进入医保，国家药品价格谈判最终结果还要看患者行为与医院(医生)行为的变化，任何一方的乖离，都可能使前面的努力大打折扣，甚至付诸东流。复旦大学公共卫生学院教授胡善联也持相似的观点。他表示，以量换价的谈判自然需要城乡医保的整合出击，否则价格无法达到最优化。不过，不论政府谈判价格有多低，最后还是要进入医院，由医院决定采购量。因此，医院和医生的态度至关重要。
最先将国家药品谈判结果纳入新农合的云南省，已经在监测医生的用药变化。该省卫计委药政处一名负责人表示：“药品的使用‘水很深’。尤其是在以药养医的环境里，有些医院(医生)首先选贵的，然后选对的，已经不是秘密。药价谈下去了，医院不采购或少采购，医生不用或少用，那谈判还有什么用?”患者的行为也值得关注：纳入医保后，反正不用自己花钱了，药物会不会被滥用?那样，医保将面临不能承受之重。河南省就非常担心替诺福韦酯需求暴增，从而将医保置于“穿底”的危险之下，因为该省是乙肝高发区。这也是河南迟迟不敢有所动作的重要原因。
中国药科大学一位研究者指出，此次国家专利药谈判保密工作相当成功，具体的遴选标准及谈判依据至今尚未披露。那么，谈判药品适应症选择是否能够完全反映出医疗机构的实际临床需求和患者治疗需要，近期上市的治疗肝癌、白血病等重大恶性疾病且疗效显著的专利药何时能进入谈判目录，这些都是公众普遍关心的问题。该研究者认为，面对不断增长的卫生费用支出和并不乐观的地方医保基金情况，应确定包含创新供给和临床需求两方面的遴选标准，强调进入专利药谈判目录所必须达到的“临床疗效不可替代性”“价格不可支付性”和“供货渠道唯一性”3项准入标准，在大部分药品均采取招标采购或挂网采购的同时，遴选出小部分药品进行谈判采购，从而尽量缓解患者用药需求迫切性与基金有限性之间的矛盾，增强公众对专利药谈判的认同感与获得感。
应由谁来谈判是一个始终存在争论的问题，这也被认为是当前结果难落地的直接原因。虽然之前建立了一个16部委(局)参与的部门协调机制，看似非常强大，但是实际效果却并不尽如人意。现在，为各方逐渐接受的观点是：医保一定要成为积极参与方，卫生行政部门与人社医保部门通过良好沟通与合作，实现谈判信息共享与资源整合，充分考虑医保基金承受能力，利用有限基金最大程度落实谈判结果，统筹做好谈判药品采购、使用及与医保政策衔接等工作，形成政策合力，在药价优惠“落”地的同时，真正让患者享受“实”利。