在今年3月份“山东疫苗案”发生之后，为防止倒卖临期疫苗现象再次发生，国家推出了“疫苗新政”，改革二类疫苗流通方式。但坏消息随之而来，“狂犬病疫苗”断货、手足口疫苗无法在全国推广，虽然政府相关部门于近期发布修订通知，设置政策过渡期，但疫苗企业相关负责人仍旧担忧，新政导致的成本增加或许会导致二类疫苗的涨价。“狂犬病疫苗”断货、手足口疫苗无法在全国推广，最近二类疫苗市场上的坏消息不断。业内人士对此分析，国家“疫苗新政”实施之后，各省级疾控中心疫苗采购平台建立缓慢、区县级疾控中心冷库容量有限、企业冷链运输负担陡然增大、运输时间增加等诸多道坎儿，阻断了二类疫苗（疫苗市场前景调查分析报告）的流通之路，生产出的疫苗只能在冷库里“睡着”。问题频发倒逼政府相关部门于6月14日发布修订通知，设置八个月的政策过渡期。但有疫苗企业相关负责人仍有担忧，新政的实施肯定会增加企业的运营成本，二类疫苗或许因此而涨价。
今年3月份“山东疫苗案”发生之后，为防止倒卖临期疫苗现象再次发生，国家食品药品监管总局、国家卫计委于4月23日公布实施了《疫苗流通和预防接种管理条例》(下称《条例》)，改革二类疫苗流通方式。其中要求，各省疾控机构通过省级公共资源交易平台，统一招标采购疫苗;县级疾控机构与疫苗生产企业签订采购供应合同。但《条例》实施之后疫苗企业发现，很多省份根本没有设立疫苗采购平台，不具备招标采购条件，二类疫苗失去了原有的销售渠道。一家二类疫苗生产厂家负责人称，有山东、安徽等省份已经向他们明确表示，建立好疫苗招标采购平台，至少要等到今年年底，这就意味着，未来半年这些区域的二类疫苗市场处于关闭状态。令人担忧的状况发生了，像救命疫苗——人用狂犬病疫苗已经在多省出现断货情况;可以挽救儿童生命的手足口疫苗虽然刚刚上市，但是遭遇新政实施，生产出来只能暂时“睡”在冷库里，何时能被顺利采购、进入全国市场还是个未知数。
新政要求，疫苗生产企业只能将二类疫苗销售给县级疾控机构，销售活动应当严格遵守《药品经营质量管理规范》，防止过期疫苗进入使用环节。但实际上，有疫苗企业反映，区县级冷库库容量实在有限，因为以前大批疫苗是储存在省疾控中心的，区县疾控中心冷库只是用做接种疫苗中转使用，但现在小冷库则要承担各类疫苗的冷链储存。因此引发疫苗企业担心，除非冷库库容量扩大，否则各区县疾控中心收不了那么多疫苗，因此只能每一种疫苗采购一点，企业一次配送的数量减少了，运营压力增大了。更令疫苗企业困扰的是，新政实施两个月了，很多地方疾控中心执行工作并没有到位，给疫苗配送接收工作带来很大麻烦。日前有家疫苗公司恢复发货，将疫苗千里迢迢运送到成都某区疾控中心，结果吃了闭门羹，因为人家有明文规定，只有每周四下午才是疫苗收货时间。
流通方式的变化，给疫苗配送带来的问题最大。据了解，以前疫苗运输流程分为三个阶段，通过三方护送才能顺利到达目的地。第一阶段由疫苗厂家将疫苗放在2℃—8℃的冷藏箱里送到机场，由第二方——机场负责托运。落地之后，再由第三方运输公司冷链运送到省疾控中心冷库。然后省疾控中心层层下发到各区县疾控中心。时间短、效率高。而新政虽规范、简化了这一流程，但是却大大延长了疫苗配送时间。新政要求，疫苗生产企业直接向县级疾控机构配送二类疫苗，或者委托具备冷链储存、运输条件的企业配送。配送企业不得将所接受的委托配送再次委托。这意味着，疫苗生产企业只能用冷藏车将疫苗直接送到各地区县疾控中心，“路上时间特别长!”上述疫苗企业负责人说，“最近一单我们是与其他疫苗拼单发货到四川成都，6月8日冷藏车从北京出发，6月15日才送到，疫苗在路上整整跑了一个星期!”令厂家更为头痛的是，不仅运输时间长了，而且疫苗安全风险加大了，长途冷链运输万一车坏在路上怎么办?
据了解，西藏、川西属于人狂犬病高发地区，但因为人烟稀少，每年只需要几千支人用狂犬病疫苗。成本高、风险大，所以鲜有疫苗企业愿意自己配送疫苗到上述边远地区。一家主要生产二类疫苗的厂家相关负责人坦言，今年二季度的销售业绩报告一定非常难看。因为新政中规定，自《条例》实施之日起，原疫苗经营企业不得购进疫苗，原疫苗经营企业和疫苗生产企业不得将疫苗销售给疾病预防控制机构以外的单位和个人。取消了疫苗经销商这一环节，“以往发出去的疫苗，现在纷纷被经销商退了回来”。
有业内人士猜测，虽然疫苗新政的出发点是减少利益寻租、减少中间环节、减少百姓负担，可实际上，由于生产企业运营成本一连串的增加，其最终结果可能会导致二类疫苗价格不降反升。二类疫苗断货频发使得各个省份自己纷纷出台过渡政策，浙江省卫计委联合省食药监局发布了紧急通知，提出在《条例》具体实施指导意见出台前，二类疫苗管理继续维持现有采供模式和收费标准，省内疫苗批发经营企业第二类疫苗和相关产品库存用完后，疫苗生产企业和进口疫苗国内代理公司可直接向浙江省疾控中心和宁波市疾控中心供应疫苗。
6月14日，国家食品药品监管总局、卫生计生委联合发布了《关于贯彻实施新修订的通知》，要求原疫苗经营企业在2016年4月25日前已购进的第二类疫苗可继续销售至各级疾控机构，由其进行供应。原疫苗经营企业2017年1月1日起必须停止疫苗销售活动，向原发证的食品药品监督管理部门申请注销《药品经营许可证》或核减疫苗经营范围。各级疾控机构在2016年4月25日前已购进的第二类疫苗，在2016年12月31日前，可按照逐级供应方式供应。