为进一步完善新型农村合作医疗（医疗项目可行性研究报告）制度，加快推进城乡居民基本医疗保险制度整合工作，国家卫计委、财政部就做好2016年新农合工作发布通知，要求进一步提高筹资标准和保障水平，完善大病保险机制，改革支付方式，控制医疗费用不合理增长。
2016年，各级财政对新农合的人均补助标准在2015年的基础上提高40元，达到420元，其中：中央财政对新增40元部分按照西部地区80%、中部地区60%的比例进行补助，对东部地区各省份分别按一定比例补助。农民个人缴费标准在2015年的基础上提高30元，全国平均达到150元左右。各地要采取多种形式加强宣传、引导，妥善做好个人参合（保）费用征缴工作。已开展城乡居民医保制度整合的地区要在科学测算的基础上，合理确定城乡统一的筹资标准。逐步建立与经济社会发展水平、各方承受能力相适应的稳定可持续筹资机制。按照《中共中央国务院关于打赢脱贫攻坚战的决定》、《国务院关于支持延边重点地区开发开放若干政策措施的意见》（国发〔2015〕72号）等文件要求，做好贫困人口参合工作。
巩固提高新农合保障水平，将政策范围内门诊和住院费用报销比例分别稳定在50%和75%左右。严格控制目录外费用占比，缩小政策报销比和实际报销比之间的差距。逐步扩大纳入新农合支付的日间手术范围，适当提高日间手术等门诊诊疗报销比例。支持推进医养结合和社会办医，将符合条件的养老机构内设医疗机构和社会办医疗机构按规定纳入新农合定点范围。
全面推开利用新农合基金开展大病保险工作，健全完善大病保险筹资、承办、管理和运行机制。加大对大病保险的支持力度，合理确定筹资水平，实施更加精准的大病保险政策。各地要通过降低困难人员大病保险起付线等措施，实现精准健康扶贫。有条件的地区还可探索采取提高大病保险报销比例等措施，加大对贫困人员的倾斜力度。加强基本医保、大病保险、医疗救助、疾病应急救助等制度的衔接，积极引导社会力量参与，发挥保障合力，切实减轻贫困大病患者的医疗支出负担。
加快推进按病种付费、按人头付费、按床日付费等复合型支付方式改革，扩大支付方式改革对定点医疗机构的覆盖面。从药品通用名称入手，探索制订新农合药品支付标准，协同推进药品价格改革，改善定点医疗机构和参合（保）患者用药行为。选择疾病负担重、社会影响大、治疗效果确切、诊疗路径清晰的儿童急性淋巴细胞白血病、儿童急性早幼粒细胞白血病、儿童先天性心脏房间隔缺损、儿童先天性心脏室间隔缺损、食管癌、胃癌、结肠癌、直肠癌、终末期肾病等重大疾病，实行按病种付费，结合临床路径管理，逐步扩大按病种付费对大病病种的覆盖面，充分发挥支付方式改革对医疗服务供需双方的引导作用和对医疗费用的控制作用。完善针对不同级别医疗机构的差异化支付政策，支持参合（保）居民与基层医疗机构家庭医生团队开展签约服务，推进分级诊疗制度建设。
各地要深入学习贯彻《意见》精神，以保障人民群众健康权益为目标，以有利于实现医疗、医药、医保三医联动为原则，以“六统一”为重点，提高认识，加强规划，确保整合工作顺畅接续、平稳过渡。要在做好基线调查、比对分析、研究论证等工作的基础上，及时科学制订城乡居民基本医疗保险制度整合工作的总体规划和实施方案，明确时间表和路线图。要做好整合前后政策、经办管理等方面的有效衔接，推动整合后的城乡居民医保制度与深化医改相关工作协调有序发展，努力提高保障水平、管理效率和服务水平。要切实做好整合过程中基金运行的监测和分析，加强对基金使用的审计和监督，切实防范基金风险。继续坚持和推进管办分开，大力推进商业保险机构等社会力量参与经办服务，逐步建立公平公开、有序竞争的城乡居民医保经办服务格局。
完善经办机构与定点医疗机构的协议管理，加强对目录外药品使用率、药占比、次均费用、住院率、平均住院日等指标的监控，定期开展对定点医疗机构的考核评价，考核结果向社会公布。加强经办机构内部建设，规范岗位设置和职责分工，建立健全内部控制制度、稽查制度和违规责任追究制度。加大对经办机构在筹资征缴、费用控制等方面的绩效考核力度，提高管理效率和服务水平。坚持基金收支运行情况信息公开和参合（保）人员就医结算信息公示制度，加强社会监督。
以省（区、市）为单位统一本省参合（保）患者省外就医报销政策，规范跨省就医相关的经办流程和结报办法。加快推进新农合信息平台全国联网，在2016年基本解决省内异地就医直接结算的基础上，努力用两年时间推进新农合转诊住院患者跨省定点就医结报。依法加大对骗保套保行为的处罚力度。