医药中间体行业属于政策鼓励类行业，故其整体政策风险较小。行业受到政策风险主要是来自于环保政策方面的风险，随着国家对环保问题的日益重视，生产企业建设环保处理设施的压力增大。
《中国医药中间体市场调查研究报告（2016）》显示，医药中间体产品的产销量会受到整个宏观经济发展的影响，未来3-5年，医药中间体产品行业可能面临宏观经济下行的风险。
目前，我国医药中间体行业生产企业数量较多，行业竞争风险较大，特别是初级医药中间体市场的竞争。由于医药中间体的生产利润高于化工产品，两者的生产过程又基本相同，于是便有越来越多的小型化工企业加入了生产医药中间体行列，导致行业内无序竞争日益激烈。
医药中间体行业的产业链风险主要来自于上游基础化工原料价格波动与下游医药原药、制剂行业市场需求变动而带来的风险。