十二五期间，吉林省深入推进国家基本药物（中国药物市场前景调查分析报告）制度，提前10个月完成国家提出的全覆盖目标，基层医疗卫生机构全部实行基本药品零差率销售。
吉林省所有政府办基层医疗卫生机构2011年已全部实施了基本药物制度，实行零差率销售，提前10个月完成国家提出的全覆盖目标，成为全国11个率先实现全覆盖的省份之一。
2012年，基本药物目录增加到510种，药品招标采购价格与国家最高零售价相比平均降幅51.71%。在政府办村卫生室实施基本药物制度，基层药价虚高现象得到遏制。
2013年，进一步扩大基本药物制度实施范围，推进村卫生室实施基本药物制度工作。完成全省二级以上医疗机构基本药物使用情况调研，为制定基本药物招标采购目标提供了依据。
加强基层医疗机构药品网上采购、配送、结算监管，完善了基本药物网上采购动态管理制度；启动了2013年吉林省医疗机构药品集中采购工作，制定《2013年度吉林省基层医疗卫生机构药品招标目录》。
县级公立医院改革试点稳步推进。在农安、延吉、镇赉、乾安等4个试点县取得阶段性成效后，确定公主岭市等21家为全省县级公立医院改革试点。同时，积极探索城市公立医院改革路径，长春市5家市级医院于2013年10月开始实行药品零差率销售。
全省有22家三级甲等医院共支援了41家县级医院，累计向县级医院派出高年资主治医师以上医务人员310名，同时受援的41个县级医院共派出144名医护人员到三级甲等医院进修学习，对口支援工作成效显著。
全省所有三级医院全部开展临床路径管理工作，其中三级综合医院开展的专业平均在15个以上，病种在60个以上；全省有60%的二级医院开展了临床路径管理。据不完全统计，全省开展临床路径管理的二级以上医院对于符合路径标准的病例，入组率在50%以上，入组后完成率达到70%以上。
远程医疗会诊效果良好。吉林省人民医院与15个县级医院建立的远程会诊平台建设项目，仅2013年就为210名患者进行了远程会诊。吉林大学第二医院自筹资金与12个县级医院建立的远程会诊平台，也已为60名疑难杂症患者提供了远程会诊。