大规模人口流动已成为我国经济社会的主要特征，因此政策制定和制度安排须重视流动人口的权益保障。
由于缴费水平偏高，加之无法随工作地点变换转移接续，目前不足两成农民工参加城职保。由于流动人口较为年轻、健康状况较好，医疗（医疗项目可行性研究报告）需求主要集中在门诊上，而城职保不报销门诊费用，年迈返乡的农民工无法携带城职保回家，因此参加了城职保的农民工并不能获得城职保保障。其缴纳的医保基金实质上是补贴了城镇户籍职工，事实上还是农民补贴市民。
大部分进城农民工参加了家乡的新农合。新农合不支付异地门诊费用，异地住院费用实际补偿率也很低，回户籍所在地住院交通和误工成本极高，所以参合农民工获得的医疗保障也大打折扣。在城市打工期间缴纳的参合费用实际上贡献给了家乡的城乡居民。等他们年迈返乡后，面临的将是新农合医保基金支出压力巨大的结局。
解决上述问题，需改革医保体系，在现行制度基础上构建国民健康保险制度。在较低的筹资水平实现全国统筹，所有国民在国内任意地区平等享受，不同阶层的多元化保障需求通过商业保险来满足。
进城农民工医疗需求主要集中在小病门诊上，城市的公立医院和社区医疗机构一来费用高昂，二来并不以流动人口为服务对象，其布局和服务模式极不方便农民工就诊。建议政府按照国际通行做法，允许拥有合法执业资质的医生自由开办诊所，方便流动人口就医。