医疗卫生是关系国计民生的重要行业。党的十八届三中全会提出要统筹推进医疗保障、医疗服务、公共卫生、药品供应、监管体制综合改革。李克强总理明确要求“药价要下去，服务要上去，医保要保住”。当前，在医保资金支出不断加大和医药（中国医药行业发展研究报告）行业问题层出不穷的客观情况下，加强财政部门对医药行业的调控工作变得十分必要。
一、充分发挥财政资金对医药生产企业的引导和促进作用
医药生产企业是医药产品质量和价格的基础环节，在药品价格管理的宏观环境下，由于企业单纯追逐利润容易导致部分药品供应不足，而低质药、高价药逐步占领市场。针对以上问题，财政部门应当加强宏观调控、改变市场失灵现状，健全对医药生产企业的财政资金补助制度，鼓励和推动优质低价药、创新特效药的生产和相关企业的发展。同时应丰富财政资金补助方式，一是探索对部分药品实行生产补助或生产奖励政策；二是针对医药企业的财政补助资金采用竞争性分配方式，以股权投资等形式支持专门药品的生产。
二、加强财政部门对医保药品政府采购的监管
政府采购是医保用药的最主要渠道，然而目前生产企业供应医保用药的招投标价格远远高于其销售给流通企业的价格，部分药品的政府采购价格甚至比出厂价格高出100%以上。财政部门作为政府采购的主管部门，应进一步加强对医保药品的政府采购管理，一是会同有关部门进一步完善医保药品招投标办法。通过限制药品企业报价的利润上限，实施中标药品成本价格公开、以中标结果为标准动态引入更优秀的企业和药品、强化监管和处罚机制等措施；二是进一步丰富政府采购渠道。探索对部分优质低价药或存在垄断性的药品实行政府议价采购、询价采购等方式，充分发挥政府采购的议价能力。在医保药品市场根除“劣药假药驱逐良药”、中标企业谋取高额垄断利润等医药行业的顽疾。
三、深化公共医疗机构改革
一是切断公立医院与药品收入的利益关系。将现行公立医院分立为医院和医药两个独立法人分别考核，均实行收支两条线管理，医院的经营主要依靠医生提供服务获得。二是完善医生绩效考核制度。建立以医生服务病人次数、治疗效果、病人满意程度等指标为考核体系的制度；同时适当提高医生诊疗服务费用标准，保障医疗机构的正常运转。三是完善财政补贴制度，加强财政补贴资金的绩效管理，更好的体现财政补贴资金对医疗机构公益性工作的考核和鼓励，更有力的发挥财政资金对公共医疗机构健康发展的杠杆作用。
四、支持社会资本发展非营利性医疗机构
解决“看病难、看病贵”问题的根本在于加快医药产品和服务行业的发展、改善市场供求关系、均衡医疗资源分配。重点在于支持社会办医、推动医药行业的市场化机制发生作用。财政部门应深入研究探索鼓励社会办医的税收等方面的优惠措施，针对非营利性医疗机构设置专项补贴制度，完善财政资金的补助方式和标准。