中药材来源广泛、成分复杂，保存中会受到不同因素的影响。怕热药材应注意对温度的控制;易霉变的药材，应注意对湿度的控制;易挥发的药材(中国药材行业调查研究及投资价值分析报告)，储存时应注意密闭……不同类型的药材，分别需要相应的仓储条件，不能一概而论，更不能像摆放粮食一样简单堆积。
目前，国内一些中药材的仓库设施和养护技术落后，规模小、散、乱，缺乏相应规范，仓储水平甚至还不如大米、棉花等农产品。业内普遍认为，和其他产品相比，中药材的物流水平落后20年以上。物流对中药发展的影响毋庸置疑，就目前来看，以下四大问题是困扰中药物流的主要原因。
缺乏标准
目前，针对西药的物流管理规范已经相当成熟，相关部门也会定期检查，但中药材在这方面欠缺相应的标准。由于中药材各自的特性不同，需要多方专家共同商讨，多个部门和协会一起监管，才能取得实际效果。
准入门槛太低
目前，从事中药材的保存、销售的人员很多是种植者，缺乏相应知识。一些企业本身规模有限，也不能提供相应的保存和物流条件。建议对从业者建立相应的培训和考核制度，并从流通量和流通品种数等方面对企业加以限制。
担心增加成本
事实上，很多中药材原产地政府都十分重视仓储和物流，可以根据当地的药材特点建立药材物流基地。这样针对特定的品种，能降低成本。同时，当地政府一般会从资金和政策上给予支持，企业在初期可能有一定投入，流通基地成熟后，因为确保了质量，药材的成本和价格反而会降低。
规模小、散、乱
上世纪90年代初，全国自发形成了百余个药材市场，由于缺乏规范，一些市场成为了假劣药品的销售集散地。经过相关部门努力，全国先后取缔了116个非法药品集贸市场，1996年批准保留了目前的17个中药材专业市场，安徽省亳州中药材专业市场等5个市场已经实行企业化管理。
据统计，全国中药材流通交易总量的80%左右是在这17家中药材专业市场和一些药材产地的中小规模药材市场完成。很多市场基本是原始落后的农贸集市交易市场，没有统一的建设和管理标准，缺乏准入标准和监管制度。建立药材物流的标准体系，国家再根据此监管，有利于将分散的药材交易变得集中。可以在药材生产大省市建立运输要塞，将某个区域的药材流通集中在几个点上。这样不仅便于市场规模化，还便于监管和调整。这样就将“建立仓库”转变为“让仓库符合国家标准”，不会造成资源浪费。