医改办入驻卫计委一年不到，卫生医疗界（中国医疗行业发展研究报告）重新探讨其归属问题。一位接近卫计委人士称，未来医改办回归发改委的可能性比较大。
“医改办调入卫计委之后，很多医改专家委员会委员都觉得协调起来比较难，自从到了卫计委，我们还没有开过一次会。”国务院医改专家咨询委员会委员、复旦大学教授胡善联认为，医改办应该设在综合部门下面，比较容易协调。
医改办缘起于几年前的医改争论。2006年6月30日，国务院成立以国家发改委、卫生部牵头，财政部、人力资源和社会保障部等16个部门参加的深化医药卫生体制改革部际协调工作小组（后改为国务院深化医药卫生体制改革领导小组），下设办公室便是国务院医改办。2008年12月，国务院将该小组升级为国务院深化医药卫生体制改革领导小组，李克强担任组长。2010年，国务院医改办印发通知称，中编办批复国务院医改办公室的机构设置，医改办成为常设机构。在2009年4月推出深化医改方案之后的四年，也就是2013年5月17日，国家卫生计生委成立，在其“三定”方案中，原卫生部的医政司和医管司合并组成医政医管司，并新设立体制改革司，原本设在发改委的国务院医改办职能也被调入其中。
然而，原设在发改委旗下的医改办人员中，只有医改办主任来到了卫计委，其他工作人员并未随从到卫计委。
北京大学政府管理学院教授顾昕表示：“医改办不应该放在与医改有任何相关的利益部门，特别是卫计委、人保部和发改委，这三个部门都是医改的对象。”
顾昕解释，人保部中有两个利益部门与医改相关，一个是人事部门，一个是医疗保险部门，这两个部门在医改中都是需要改革的；而发改委手中握着药品定价和医疗服务价格的定价，这事关医改的重点；卫计委管着公立医院，这三大部门都与医改有着利益关系。在他看来，医改办只有放到中央深化改革小组下。
北京大学教授李玲也认为：“医改应该在综合部门下面，易于协调，因为医改是一个系统的改革。”对于医改办是否能够放到利益相关部门发改委，李玲称，医疗服务价格和药品价格的定价，应该有一个与经济发展水平相适应的动态调整。
顾昕认为，无论医改办放到什么地方，最重要的是解决当前医改存在的问题，特别是公立医院的管办分离以及医疗服务定价和药品定价，要去行政化，真正用市场机制来配置资源。
“十八届三中全会指出，要紧紧围绕市场在资源配置中的决定作用深化经济体制改革。而当前的医疗服务体制价格以及药品价格的定价机制，仍然是属于政府行政化，在未来改革中，这是必须要解决和面对的问题。”顾昕说。