国家卫生计生委网站信息显示，2013年全国（不含港澳台）共报告法定传染病发病6416418例，死亡16592人，报告发病率为473.87／10万，死亡率为1.23／10万。
据统计，2013年，全国共报告甲类传染病（传染病项目可行性研究报告）发病53例，死亡1人，报告发病率为0.0039／10万，比2012年下降30.36%，死亡率为0.0001／10万，与2012年持平。乙类传染病除传染性非典型肺炎、脊髓灰质炎和白喉无发病、死亡报告外，其他共报告发病3057410例，死亡16300人，报告发病率为225.80／10万，死亡率为1.20／10万，分别较2012年下降5.43%和3.00%。报告发病数居前五位的病种依次为病毒性肝炎、肺结核、梅毒、细菌性和阿米巴性痢疾、淋病，占乙类传染病报告发病总数的93.26%，报告死亡数居前五位的病种依次为艾滋病、肺结核、狂犬病、病毒性肝炎和流行性出血热，占乙类传染病报告死亡总数的98.09%。
同期，丙类传染病共报告发病3358955例，死亡291人，报告发病率为248.07／10万，死亡率为0.02／10万，分别较2012年下降10.50%和51.25%。报告发病数居前五位的病种依次为手足口病、其他感染性腹泻病、流行性腮腺炎、流行性感冒和急性出血性结膜炎，占丙类报告发病总数的99.29%，报告死亡数居前三位的为手足口病、其他感染性腹泻病和流行性感冒，占丙类传染病报告死亡总数的98.28%。
与2012年相比，2013年甲乙类传染病中的肠道传染病、呼吸道传染病、血源及性传播传染病报告发病率分别下降7.84%、3.31%和6.89%，自然疫源及虫媒传染病报告发病率上升14.83%。