1月21日召开的2013年全国医疗（ABS医疗机箱市场调查研究报告）管理工作电视电话会议上，卫生部副部长马晓伟表示，2013年卫生部将选择若干大中型城市，建设医疗联合体，以大型公立医院的技术力量带动基层医疗卫生机构能力提升和共同发展。同时形成倒逼机制，促进相关部门完善管理、补偿、运行、监管等配套政策。
医联体主要是指不同层级医疗卫生机构通过在纵向或者横向的资源整合，所形成的医疗组织。如江苏镇江市成立的江苏康复医疗集团，北京市以朝阳医院为核心成立的医疗联盟。医联体的主要作用在于优化医疗资源配置，推动医生和患者流向基层。
目前，医联体的运行仍然面临来自内外两方面的困境。
外部困境
我国医疗资源结构布局受到行政区域划分的制约。现行体制对医务人员的束缚由来已久，新医改一度尝试多点执业，但效果并不理想。不仅是人事编制制度，还有分级财政的制度，致使纵向资源调控能力不强；而医联体覆盖的区域，也会涉及到医保统筹层次的问题。
对于医保问题的解决，需要提高基本医保统筹层级，使医保统筹层级和医疗联合体建立层级相统一，实行医保分级支付。分级财政的问题更为复杂，目前卫生部的思路仍然基于分级财政的体制，“分级财政与分级办医体制紧密相连”，强调对公立医院的财政补偿以及与绩效考核相挂钩。
内部困境
纵向整合资源的医疗联合体是对分级办医体制的一种突破。但不同层级的医疗机构发展水平差异很大，也存在不同的利益诉求，造成医联体内部存在管理体制的问题。如何建立医联体的治理机制，是目前医联体建设需要考虑的问题，可能还需要医疗管理部门主动协调相关部门解决。
利益的分配问题是医联体内部在制度建设上首先需要解决的问题。对于医联体而言，尤其是内部各医疗机构还保持自主地位的医联体，必须建立起收益分享、风险分担机制，否则难以实现资源的整合。