5月8日，国家发改委发布了《基层医疗卫生机构管理信息系统建设项目指导意见》(以下称“指导意见”)。基层医疗机构信息化是“十二五”基层医改的主要内容，该意见正是契合“十二五”医改要求，旨在提升基层医疗卫生机构服务能力，要求以省为单位，将基本药物供应使用、居民健康管理、基本医疗服务、绩效考核等纳入信息系统，并提出到2015年，“逐步建成覆盖城乡基层医疗卫生机构的信息系统”。
国家发改委已经安排12.5亿元用于基层医疗卫生信息化建设，包括全国29个省的基本药物集中采购使用信息系统，以及10个试点省份的基层医疗卫生机构管理信息系统建设。
国家发改委社会司和卫生部规财司已于2011年6月份联合下发了《关于报送2011年基层医疗卫生管理系统中央预算内投资建设项目方案的通知》(以下称“通知”)，启动基层医疗卫生管理系统的试点建设。
基层医疗卫生机构管理系统的建设主要包括两种模式：一是分级建设模式，在县级建设信息系统，为基层医疗卫生机构提供服务;一是“云计算”模式，招标第三方机构依托云计算技术，建设信息系统为医疗卫生机构和政府部门提供服务。
指导意见指出，通过信息系统的建立，实现电子健康档案的动态更新，以及与电子病历的互联互通，为提高基层医疗机构服务能力奠定基础。
这种服务能力的增强，在分级模式中主要来自不同级别医院间协作的强化，例如已讨论颇多的远程影像协作技术，便于上级医院专家指导下级医院的医生进行操作。
而云计算模式的操作则稍显复杂。四川什邡地区采取的方式是在市一级建立区域医疗云平台，连接到乡镇卫生院、各医院以及卫生局。主要作用有三个：收集共享数据、应用技术共享以及区域医疗协作。
这套系统还产生了一个额外的客观效果就是，加强了卫生局的监督和绩效考核能力。在这个平台上，卫生局可以及时掌握数据、实行实时监控。“区域医疗网络云平台革新了卫生行政管理模式。”什邡卫生局副局长刘静谈及自己的感受时表示。