随着新医改的深入推进，难点问题开始显现，利益格局发生调整，体制性问题集中暴露，改革难度进一步加大，复杂性更加凸显。
孙志刚称，立足当前，着眼长远，未来五年医改需要重点推进以下五项工作：
一是建立健全中国特色的全民医保制度。孙志刚表示，把全民医保作为公共产品向城乡居民提供是一项重大的制度创新，需要政府、社会、个人共同努力，要加快推进医保管理体制运行机制的改革，促进各项制度无缝衔接。
二是拓展深化公立医院改革。孙志刚强调，基层医疗机构也是公立医疗体系的重要组成部分，从这个意义上说，公立医疗机构改革已经开始启动，“十二五”期间要向大中城市拓展延伸。推进公立医疗机构改革要做好破除以药养医、创新体制机制、调动医务人员积极性这三件大事。其中，破除以药养医是关键环节，是改革的切入点，也是确保公立医疗机构回归公益性的必然要求，而做好这项改革必须落实政府办医责任，完善补偿机制，进一步优化配置医疗资源，合理确立公立医院的规模、数量和布局。
三是要突出抓好人才培养培训。孙志刚称，人才问题是中国医药卫生事业发展最为薄弱的环节，今后要进一步加大人才培养力度，首先要全面实施全科医生制度，加大全科医生的培养培训力度，力争到2015年实现每万名群众有2名全科医生，其次要推进医师多点执业，使优质医疗资源为更多的人服务。
四是深入推进药品生产流通领域改革。围绕破除以药养医，推进药品流通、生产、采购、定价等环节的改革，建立健康的行业竞争机制，推进医药产业结构调整，完善药物的价格管理，推进规模化、集约化的生产经营，健全药品监管体制，重构药品保障体系。
五是继续提升公共卫生服务均等化水平。继续免费提供基本卫生公共服务，开展重大公共卫生项目，提升公共卫生服务能力，切实发挥公共卫生在预防保健中的重要作用。