卫生部政策法规司司长刘新明在谈到此次医改面临的问题时，坦陈医疗卫生体系长期积累下来的体制性问题、机构性问题、结构性问题正越来越突出。
具体而言，第一是卫生资源配置失衡，10年前很多专家就曾做过相关论证，目前这种状况还没有根本改变。我国80%左右的医疗卫生资源是集中在城市，在城市80%左右的医疗卫生资源集中在大医院，占人口70-80%左右的农民只享有20-30%的医疗资源；第二是保障制度不健全。2003年时，我国规范的社会医疗保险制度只覆盖了人口的1/10；第三是医疗总费增长过快。1980年到2005年，我国经济总量增长了29倍，期间卫生总费用（即一年内全社会用于卫生支出的总和）却增长了52倍，其中，城乡居民个人支出的医疗费用增长了133倍，同期城乡居民可支配收入分别增长14倍和7倍。
第四是财政投入过低。上世纪80年代，来自各级政府的投入占40%，城乡居民个人负担的费用占卫生总费用20%多，2004年前后，这个结构却变为，政府投入下降到17%，城乡居民个人负担的费用上升到了60%。2000年世界卫生组织全球卫生公平性评价显示，中国在191个成员中排名188位，原因就是政府投入太少，城乡居民个人承担的比例过大。1980年前后全部公立医院来自财政的拨款占当年总收入的30%，2004年前后这个比重下降到7-8%，财政投入的下降要求公立医疗机构更多的依靠服务收费和创收来维持运行和发展，创收的结果是社会承担的费用越来越高。第五是公共医疗卫生体系的公益性下降。第六是药品生产、定价、流通、使用存在不少问题。流通领域的多级代理、层层转包、环环加价，使用领域的医药补医，都增加了人民群众的负担。
“上述问题集中表现为‘看病难、看病贵’。刘新明说。