因相关部门在配套文件上的意见需进一步协调，医改方案的出台时间一推再推。
4月2日，医改领导小组召开第二次会议，讨论加快落实医改方案及相应配套文件。消息人士透露，医改方案可能清明节后正式向全社会公开，而酝酿中的一次高规格全行业会议，也因方案公布时间推迟而再度顺延。该会议旨在统一思想，推动贯彻落实医改方案，规格将高于年初的全国卫生工作会议。
据悉，与《关于深化医药卫生体制改革的意见》(下称《意见》)和《2009~2011年深化医药卫生体制改革实施方案》(下称《方案》)配套的医改配套文件近30个，由于医疗卫生主管部门希望相对重要的配套文件能与医改方案同时公布，部门间在配套文件上的分歧还在进一步协调统一之中。
按照医改领导小组此前的设想，包括“基本公共卫生服务均等化”、“公立医院改革试点指导意见”、“城乡医院对口支援工作管理办法”、“深化医药卫生体制改革试点办法”、“建立国家基本药物制度的实施意见”、“国家基本药物遴选暂行管理办法”、“鼓励社会资本参与医疗卫生发展”、“完善政府卫生投入政策”、“促进和扶持中医药事业发展的若干意见”等关于医改全局的配套文件，将与医改方案同时公布。
不过，相关人士透露，比如最受关注的卫生投入政策，有关部门在国家财政投入的方向和额度上还存在一定分歧，有可能难与医改方案同时出台。
其他的一些配套政策还包括卫生人才队伍建设、住院医师规范化培训、城乡基层医疗卫生服务体系、国家基本药物采购配送工作指导意见、鼓励社会资本参与医疗卫生发展等多个方面。
医改从动议到最终形成方案，其间历时近三年，最终形成纲领性文件《意见》以及三年实施《方案》。
与最初的《意见》相比，《方案》将从推进基本医疗保障制度建设、国家基本药物制度、基层医疗卫生服务体系、基本公共卫生服务体系和公立医院改革等五项重点工作入手，全面推动医药卫生体制改革，五项重点工作未来三年国家财政投入将达到8500亿元，其中中央财政投入3300亿元，地方财政投入5200亿元。
一位接近医改小组的人士称，医改的核心就是要让医疗卫生事业回归公益性，让人人可以享受到基本医疗服务，“五项重点实施方案，将从不同层面推进医改。”《方案》实施后，将逐步缩小城乡居民享有基本公共卫生服务的差距，同时，通过对公立医院的改革试点，提高公立医院的服务质量和效率，让老百姓可以享受到相对满意的医疗卫生服务。
他认为，对医疗卫生事业而言这将是一次难得的发展机遇。“医改的实质是推动发展，医改基本是一个加钱加人加机构的过程，政府的大投入最终将使老百姓受益。”
2006年6月30日，国务院常务会议决定成立由国家发改委和卫生部牵头、14部委(后增添到16部委)组成的医改协调小组。去年下半年，国务院批准医改协调小组升格为医改领导小组，领导小组办公室设在国家发改委，以协调各部门工作。